Bree er en pen og respektabel kvinne, som lever et ytterst normalt liv his man ser stort pa at hun i virkeligheten er en transseksuell mann! Hver dag sliter hun seg giennom to forskjellige jobber, og hvert ere blir spart til den endelige kjennsskifteoperasjonen hun trenger. Men bare en uke fer den store dagen mottar hun en telefon som snur opp-ned pa livet hennes. Det ser ut til at en flyktig affare tra den gang hun levde som Stanley har resultert i en senn. Han hefer Toby, er i ungdomsfengsel, og har stort behov for sin "fars" hjelp!

Piraten Burgerskjegg (Antonio Banderas) er på jakt etter den siste siden i en magisk bok, som kan gjøre alle de onde planene hans til virkelighet. Men den manglende siden viser seg å være den hemmelige oppskriften til Krabby Patty. Når Burgerskjegg stjeler den, bryter det ut fullt kaos på Bikinibunnen. SvampeBob, Patrick og resten av gjengen må begi seg opp til overflaten for å finne igjen oppskriften og redde byen sin. Den eneste måten de kan bekjempe Burgerskjeggs skurkete planer, er ved å forvandle seg til superhelter ved hjelp av den magiske boken.