Shrek jest zielonym stworzonkiem, które nie lubi hałasu, zamieszania i niespodziewanych gości. Jakie było jego zdziwienie, kiedy do jego zacisza zawitało mnóstwo postaci z sąsiedniego królestwa bajki. Zostali wygnani ze swojego królestwa przez złego Lorda Farquaada i nie będą mogli powrócić do domów, dopóki ktoś nie uratuje narzeczonej Lorda- księżniczki Fiony z łap straszliwego smoka. Shrek wyrusza w niebezpieczną drogę na ratunek Fionie.
Shrek i Fiona powracają z miesiąca miodowego i ku ich zdziwieniu znajdują zaproszenie na uroczysty obiad do rodziców Fiony. Młoda para wraz z Osłem u boku wyrusza więc do królestwa Far Far Away. Wszyscy mieszkańcy królestwa gromadzą się, aby powitać księżniczkę. Z niecierpliwością na przyjazd córki i jej męża czekają również rodzice Fiony. Problemy w tym, że nikt ich nie przygotował na spotkanie z nowym zięciem. Jakież jest więc zdziwienie, kiedy ich zięć okazuje się grubym, zielonym i nie przywiązującym wagi do higieny ogrem, któremu w dodatku towarzyszy gadający Osioł. Nikt nie jest szczęśliwy, że księżniczka poślubiła ogra, a najbardziej ze wszystkich Czarujący Książę, któremu obiecano rękę Fiony wiele lat temu. Król postanawia wynająć Kota w butach, który ma za zadanie... zabić Shreka.
40-letni Peter Banning bardzo kocha swoją żonę Moirę i dzieci, jednak jest tak zapracowany, że zaniedbuje obowiązki męża i ojca. Nagle, w tajemniczych okolicznościach zostają uprowadzone jego dzieci, Jack i Maggie. Zrozpaczonego Petera odwiedza... wróżka Dzwoneczek, która przekonuje go, że jako chłopiec był samym Piotrusiem Panem, a jego dzieci z zemsty porwał okrutny kapitan Hak.
Księżniczka Giselle zostaje usunięta przez złą królową Narissę z magicznego, animowanego świata Andalazji. A właśnie miała poślubić swego wymarzonego księcia Edwarda! Giselle trafia do współczesnego Nowego Jorku i początkowo, przerażona całkowicie obcym jej światem, myśli tylko o tym, by powrócić do baśniowej krainy. Z czasem jednak zaczyna dostrzegać uroki rzeczywistości, zwłaszcza gdy poznaje sympatycznego prawnika, Roberta Philipa i jego sześcioletnią córkę, Morgan. Tymczasem na Manhattan przybywa także Edward wraz z przyjaciółmi, by odnaleźć księżniczkę. Zła królowa też, rzecz jasna, nie próżnuje...
Nad ładem i porządkiem w Krainie Baśni czuwa Czarodziej (Adam Ferency), który udaje się na zasłużony urlop. Sytuację tą chce wykorzystać zła macocha Frieda (Danuta Stenka), by przejąć władzę i zmienić w znanych bajkach, m.in. o Kopciuszku, Śpiacej Królewnie, Roszpunce, Titeliturym, ich szczęśliwe zakończenie, zwane potocznie Happy endem, na bardziej dramatyczne. Do pomocy angażuje czarownice, wilki i wielkie brzydkie ale i sympatyczne Trolle. W obronie porządku staje Kopciuszek (Agnieszka Kunikowska), jej przyjaciel Rick (Wojciech Malajkat), psotnik Mambo (Krzysztof Tyniec) i nieco powolny Munk (Piotr Gąsowski). Czy bohaterom uda się obronić ład i porządek w Krainie Baśni?