Milijarder John Hammond ima ideju za spektakularni tematski park: udaljeni otok na kojem posjetitelji mogu promatrati prave dinosaure. Pomoću najnovije tehnologije u razvoju DNK, znanstvenici mogu klonirati brahiosaure, triceratopove, velociraptore i tirannosaurus reks, koristeći fosiliziranu jantarnu krv sadržanu u insektima koji su ih ugrizli prije milijune godina. Paleontolozi Alan Grant, Ellie Sattler i Ian Malcolm posjećuju park i vrlo su iznenađeni dobivenim rezultatima. Ali kad problematični zaposlenik manipulira sofisticiranim sigurnosnim sustavom, dinosauri bježe, prisiljavajući posjetitelje da se bore za svoj opstanak.
Razmažene odrastanjem u sigurnosti njujorškoga zoološkog vrta, naviknute na redovito hranjenje, brigu i oduševljenost razdraganih posjetitelja, četiri će se životinje, koje pojma nemaju o tome kako život u divljini doista izgleda, nakon svoga bijega u slobodu neugodno iznenaditi. Osjećajni lav Alex (Boris Mirković), živahna zebra Marty (Ozren Grabarić), neurotična žirafa Melman (Drago Utješanović) i drski nilski konj Gloria (Zrinka Cvitešić) najbolji su prijatelji i najveće zvijezde zoološkog vrta, no kada jedan od njih nestane iz svoga kaveza, ostali ga kreću tražiti, a putovanje svih završit će u dalekoj Africi, i to na Madagaskaru.
InGen korporacija, koja je radila na projektu oživljavanja dinosaura, nalazi se u velikim dugovima prije svega zbog tužbi sa svih strana. Na čelu InGena više nije John Hammond (Sir Richard Attenborough), već njegov nećak koji nije naučio na pogreškama svog rođaka. On, naime, od dinosaura namjerava napraviti cirkusku atrakciju. S druge strane prosvjetljeni Hammond otkriva skrivenu lokaciju na kojoj dinosauri žive bez ograda i čovjekovog uplitanja. Njegova je želja očuvati otok i njegove prahistorijske stanovnike kako bi ih se moglo promatrati i proučavati u prirodnom okruženju. Hammond ponovno poziva matematičara Iana Malcolma (Jeff Goldblum) želeći mu povjeriti ekspediciju koja bi trebala snimiti dinosaure. Ian naravno odbija no saznavši da se na otoku već nalazi njegova djevojka, paleontologinja Sarah Harding (Julianne Moore), ipak prihvaća. Tamo će se susresti sa sjajno opremljenim lovcima na dinosaure koji od njih namjeravaju napraviti cirkusku atrakciju.
Dr. Alan Grant (Sam Neill) je paleontolog koji je cijeli svoj život posvetio iskopinama. Tri godine nakon incidenta u InGenu, Alan vodi jedan smireni i sretan život daleko od dinosaurusa, barem onih živih. Njegovu svakodnevnu rutinu prekidaju milijunaš Paul Kirby (William H. Macy) i njegova bivša žena Amanda (Téa Leoni) s nemoralnom ponudom. Amanda i Paul obećavaju bogato financirati njegova istraživanja u zamjenu za ulogu vodiča prilikom prelijetanja otoka Isla Sorna. Ubrzo na vidjelo izlazi i skriveni motiv ekspedicije - pronalazak Kirbyjevog izgubljenog sina i Amandinog dečka koji su nestali na otoku.
Nakon teškog brodoloma, Robinson Crusoe (Pierce Brosnan) stiže na pusti otok. Velika želja za povratkom kući navela ga je na pomisao da izgradi čamac. Međutim, i nakon nekoliko pokušaja, to mu ne polazi za rukom, pa donose odluku da se nastani na otoku. Najveći strah na otoku doživio je kada je ugledao ljudski otisak stopala u pijesku. Tada je shvatio da na otoku nije sam. Ubrzo dolazi do zapanjujućeg saznanja da na otoku ima domorodaca. Jedne noći, Robinson je imao neobičan san, koji mu se i ostvario. Spasio je jednog domoroca, koji mu je kasnije postao dobar prijatelj i dao mu ime Petko. Robinson će se pozabaviti podučavanjem Petka, poštujući sve osebujnosti njegove kulture.
Od oca na samrti Morgan Adams (Geena Davis) u naslijeđe je dobila piratski brod te trećinu mape koja vodi do otoka s blagom, nacrtane na njegovom skalpu. Shvaćajući kako joj za dešifriranje mape treba poznavatelj latinskog jezika, Morgan otkupi učenog roba Williama Shawa (Matthew Modine), s kojim se zaputi po ostatak mape. Međutim, čini se kako Shaw ima vlastiti plan jer pronađeni drugi dio mape ne želi podijeliti s Morgan. No, djevojka će mnogo više problema imati s vlasnikom trećeg dijela, nezgodnim Dawgom (Frank Langella), kojemu Morgan nije baš draga.