NERV è stata attaccato dalla SEELE e Rei e diventa un tutt'uno con Lillith. Insieme con la Lancia di Longino e il completamento della serie EVA, Shinji deve decidere se l'umanità cesserà o meno di esistere. Lui dovrà decidere ora se vuole rimanere in vita o morire, ma la sua decisione influenzerà tutta l'umanità.
Mentre gli scienziati indagano per conto del governo su un meteorite caduto nel mare milioni di anni fa, il "Godzilla Prediction Network (GPN)" è sulla costa in cerca di Godzilla allo scopo di studiarne il comportamento e prevenirne le mosse. Il mostro anticipa qualsiasi previsione emergendo dal mare e scatenandosi come una furia. Il metorite è in realtà un'astronave extraterrestre precipitata in tempi immemorabili e involontariamente riportata in piena efficienza dalle attenzioni degli scienziati e dall'alito atomico di Godzilla. Gli alieni "risvegliati" pensano che una sconfitta del colossale animale aprirebbe loro le porte della Terra e perciò, gli si scatenano contro assumendo le sembianze dell'imbattibile mostro Oruga ...
Qualcosa nella baia di Tokyo attacca dei labor sottomarini, dei delfini, una coppia di fidanzati in un'auto ferma sulla banchina. Sulla vicenda indagano due poliziotti, l'anziano detective Kusumi ed il suo assistente, l'ispettore Hata. Si scoprirà che dietro a tutto questo c'è una creatura mostruosa, frutto di esperimenti segreti condotti da un centro di ricerca giapponese per conto di militari giapponesi ed americani, sfuggita al controllo a causa di una ricercatrice che, distrutta dalla morte per cancro della figlioletta, ha inserito nell'embrione alcune cellule tumorali della bambina con esiti imprevedibili. Alla fine toccherà proprio alla Seconda Sezione neutralizzare la creatura.
U.C. 0123. Sono ormai passati trent'anni dall'ultima rivolta delle colonie guidata da Char Aznable, la Federazione Terrestre ha iniziato a costruire nuove colonie spaziali per risolvere il problema della sovrappopolazione. Ma una nuova forza, la Crossbone Vanguard, rivendica l'autonomia delle colonie orbitali. Vedendosi trasformare la propria casa in un campo di battaglia, un manipolo di uomini combatte per fuggire dal conflitto. Per salvare i suoi amici e la sua famiglia, lo studente di ingegneria Seabook Arno diventerà il pilota di un nuovo Gundam, nome in codice di F91.
Tre scienziati, nel tentativo di risolvere il problema della fame nel mondo attraverso la sintetizzazione di un alimento dalle proprietà rivoluzionarie, hanno la pessima trovata di fissarne le componenti tramite un isotopo radioattivo. Il prodotto è piuttosto instabile: le conseguenze mortifere sono dunque garantite.
Richard, un giovane americano come tanti di oggi, arriva, zaino in spalla, a Bangkok con pochi soldi e parecchi interrogativi. Prende alloggio in un albergo di terza categoria, e qui conosce una coppia di francesi, Françoise e il suo compagno Etienne. Nella stanza accanto alla sua incontra anche un altro uomo, un certo Daffy, che si definisce un viaggiatore segnato dal sole e dalle droghe. Su un foglio Richard vede disegnata una mappa: indica un'isola incontaminata che Daffy dice di voler raggiungere. Richard rimane colpito e, dopo averci pensato, capisce che deve unirsi a lui. Va per dirglielo ma lo trova riverso per terra con le vene tagliate. Più che mai Richard si convince di dover proseguire. Coinvolge i due francesi e insieme partono per un viaggio verso l'ignoto.
Gloucester, Massachusetts: un gruppo di pescatori, guidati dal determinato capitano Billy Tyne, dopo un periodo di magra, si dirigono al largo in cerca di maggiore fortuna; l'equipaggio del peschereccio "Andrea Gail" naviga oltre le normali rotte di pesca del New England, fino al Flemish Cap, noto per i ricchi banchi di pesce spada. Mentre si trova già in alto mare, la barca riceve l'allarme riguardo ad una tempesta che sta montando alle loro spalle, ma, decisi a non rinunciare alla ricca battuta di pesca ed ai guadagni che con essa ne ricaveranno, ignorano l'avvertimento e procedono nel loro intento. Sfortunatamente la situazione meteoreologica peggiora e l'uragano Grace è in rotta di collisione con altre due aree di bassa pressione, una proveniente da Sud, l'altra da Nord, dalla cui unione scaturisce la cosiddetta tempesta perfetta, un evento che, secondo gli esperti meteo, si verifica molto raramente.
Accompagnato dal fedele Robin, il supereroe Batman lotta contro una serie di malvagi dall'aspetto particolare come il Pinguino, Joker, l'Enigmista e Cat Woman, i quali si sono uniti per attaccare l'ONU.
Il mondo sottomarino viene sconvolto dall'accidentale morte di uno squalo, figlio di un potente "capomafia". Il piccolo pesce Oscar, per diventare l'eroe dell'intera Barriera Corallina, dice di essere stato lui ad uccidere lo squalo. Ma non ha tenuto conto delle conseguenze di queste sue menzogne...
Due anni dopo la tragedia di "Westernlandia", il parco divertimenti Delos viene riaperto. Allo scopo pubblicitario, i reporter Chuck Browning e Tracy Ballard vengono invitati per osservare il nuovo parco.
L'opera è una versione alternativa della serie tv. La storia si sviluppa in un arco di tempo inferiore e molti elementi sono raccontati in modo diverso. Lo stesso approccio di Haruka nei confronti di Ayato, il ruolo marginale di Helena, Itsuki e Makoto, la scomparsa totale di personaggi quali Futagami, Sayoko e Kim, sono soltanto alcuni degli elementi che differiscono rispetto alla controparte televisiva. Alcune scene sono recap, sebbene abbiano dialoghi diversi, ma quelle nuove aggiungono nuovi elementi e chiariscono cose che si sapevano superficialmente. Tuttavia l'elemento centrale della storia rimane immutato, ovvero: la storia d'amore tra Haruka e Ayato
Una spedizione nel Pacifico meridionale atterra su un'isola tropicale dove i nativi adorano la misteriosa divinità Gappa. Un terremoto apre una caverna sotterranea e all'interno viene scoperto un cucciolo di rettile. I nativi avvertono gli stranieri di lasciare in pace la schiusa, ma non ascoltano e la riportano in uno zoo in Giappone. Subito dopo, mamma e papà Gappa iniziano a distruggere Tokyo alla ricerca del loro bambino rapito.
Cinquant'anni dopo un olocausto nucleare, la guerra aperta è vietata dalle nazioni sopravvissute, che si sono fuse in due opposte fazioni: il Mercato e la Confederazione ispirato alla Russia. Per risolvere le dispute territoriali, le due parti tengono incontri tra robot giganti pilotati dai "Robot Jox". In un incontro il combattente della Confederazione Alexander sconfigge e uccide Hercules del Mercato; a quel punto diventa chiaro che la Confederazione sta ricevendo informazioni sulle nuove armi e disegni da delle spie all'interno del Mercato, con conseguente perdita di incontri critici e la morte di molti dei migliori piloti. Il pilota del Mercato Achille, sostenuto dal progettista di robot Doc Matsumoto e dallo stratega Tex Conway, unico pilota a vincere tutti e dieci le sue lotte contrattuali, si prepara per il suo decimo e ultimo combattimento contro Alexander.