새해 전날 밤, 부인에 대한 증오심으로 자기파괴적 성향을 지니게 된 다비드 홀름은 공동묘지에서 술을 마시며 저승사자에 대한 전설을 떠들다 싸움이 붙어 동료에게 살해당한다. 저승의 규칙에 따라 새로 유령마차를 끌게 된 이 남자는 지난 해의 마부에게 자신의 운명에 얽힌 두 여인의 이야기를 듣게 되는데...

음악 제작자인 스완은 '천국'이란 이름의 클럽을 열 예정이다. 스완은 이곳에서 공연할 새로운 가수를 찾던 중 뛰어난 재능을 지닌 윈슬로우를 발견하지만 그에게 누명을 씌워 감옥에 보낸 뒤 노래를 빼앗는다. 복수를 꿈꾸는 윈슬로우는 출소 후 가면을 쓴 채 '천국'으로 숨어 들어간다.

파리의 오페라 하우스에서 자취를 감췄던 팬텀. 10년이 지난 지금 코니 아일랜드에 크리스틴을 초대하고 그녀는 남편 라울, 아들 구스타프와 함께 팬텀의 세계에 오게 된다. 그 곳에서 다시 한번 영원한 사랑을 고백하는 팬텀과 갈등하는 크리스틴, 그녀를 빼앗길 수 없는 라울, 그리고 팬텀을 오랫동안 남몰래 사랑해온 멕 지리.. 펜텀은 크리스틴에게 새로운 노래 'LOVE NEVER DIES'를 건네주고, 그녀가 무대에 서며 팬텀의 사랑을 받아 들일 것인지 무대를 떠나 라울을 선택할 것인지, 지금 그들의 사랑은 다시 한번 선택 앞에 놓이게 되는데.. ‘오페라의 유령’ 그 후의 감춰졌던 이야기가 스크린에서 생생하게 펼쳐진다!

16세기 중반 항해 중이던 한 선박 안에서 한 소년이 자신의 아버지가 해적 생 형제들로부터 목숨을 잃는 관경을 목격한다. 난파 후, 표류하던 그는 뱅갈라는 섬의 투간다족에 의해 구조되고, 그들과 함께 생활하게 된다. 시간이 흘러 1938년 뱅갈라 정글의 오지. 투간다 부족의 은으로 만들어진 해골을 찾기 위해 한 무리의 레이더스들이 이곳을 찾는다. 은 해골 세 개를 모으면 엄청난 에너지의 초자연적인 힘을 얻게 된다는 투간다의 전설을 듣고 이를 입수하기 위해서인데, 뉴욕 암흑가의 보스 드렉스가 이 초자연적인 힘으로 세계를 지배하기 위해 부하들을 이곳에 보낸 것이다. 숱한 희생을 치르며 드렉스의 부하들이 지도를 보고 찾아간 동굴에서 해골을 손에 넣는 순간, '걸어 다니는 영혼'이라 불리는 팬텀이라는 전설적인 전사가 나타나 이들을 추적한다. 그러나 드렉스의 부하들은 교묘한 수법으로 팬텀을 따돌리고 은 해골을 훔쳐 달아난다. 팬텀은 400년 전, 해적들에게 아버지를 잃은 후 뱅갈라섬의 투간다족과 함께 살았던 소년의 후손들로 대를 이어 투간다족의 은 해골을 지키는 팬텀으로 살아왔던 것이다. 뉴욕의 롱 아일랜드, 평소부터 드렉스의 움직임을 수상하게 여긴 여기자 팔머는 그에 대한 밀착취재를 시작하고, 잃어버린 "투간다의 해골'을 추적하던 팬텀은 그들의 음모를 저지하기 위해 뉴욕으로 온다. 한편, 이미 세 개의 은 해골 중에서 두 개를 모은 드렉스는 나머지 하나를 마저 찾아내기 위해 해골이 표시한 지도를 보고 나머지 하나를 가지고 있는 해적 생 형제의 후손인 카바이 생을 찾아가는데.

1877년 파리, 그랜드 하우스에서 몇 명의 인부가 살해된다. 아무도 없는 극장 무대 위, 젊은 소프라노 크리스틴이 연습 중이다. 유령은 그녀의 아름다움과 재능에 완전히 매혹된다. 어느날 밤 크리스틴은 프리마돈나 카를로타의 대역으로 출연하는 기회가 온다. 유령은 크리스틴을 최고의 소프라노로 만들기 위해 방해가 되는 카를로타를 제거하려고 한다. 크리스틴은 결국 프리마돈나로 무대에 오르게 되는데.