V prvem filmu smo spoznali nesrečnega znanstvenika Setha Brundlea, ki se je zaradi ponesrečenega eksperimenta, pri katerem so se zamešale njegove molekule z molekulami navadne muhe, spremenil v grotesknega mutanta. Usodne napake ga je rešil strel ljubimke Veronice, ki je kasneje v strahu ugotovila, da je noseča. Njun sin Martin zdaj odrašča na kliniki zlobnega industrialista Antona Bartoka, kjer na njem izvajajo najrazličnejše poskuse. Ko Martin spozna privlačno Beth Logan, se vanjo na mah zaljubi. Njegovi hormoni se prebudijo in preobrazba v muho je neizbežna.

Zgodba se dogaja globoko v osrčju pragozda, kjer raste zelo redka rdeča orhideja, iz katere bi lahko naredili serum, ki pomlajuje in podaljšuje življenje. Skupina znanstvenikov se šele kasneje zave, da naloga dobiti to rdečo orhidejo, ki marsikomu lahko prinese tudi znaten kupček denarja, ne bo tako lahka. Orhidejo namreč čuva predator - anakonda, ki nikomur ne pusti na svoje ozemlje...