A Navegante da Lua e as suas quatro ajudantes (Mercúrio, Vénus, Marte, Júpiter) têm de salvar o planeta e o seu grande amigo Darien da criatura mais maléfica e perigosa do Universo: a feiticeira e mortífera Kisenian Blossom. Ela aparece como uma linda e pequena flor, mas as aparências enganam! Conseguirá a magia do Cristal e do Cetro da Navegante da Lua proteger toda a humanidade do plano malvado de Kisenian? Será ela suficientemente forte para salvar a Terra e todos os que ama? Ou será forçada a escolher?

Segundo consta, a história começa com um Lex Luthor “do bem” chegando de um universo alternativo, e ele pede o auxílio da nossa Liga da Justiça para impedir que sua Terra seja dominada pelo Sindicato do Crime, cujos membros parecem ser idênticos aos heróis da Liga da Jutiça, só que completamente malvados.

Lex Luthor da inicio mais uma vez de livrar o mundo do Superman, com um tipo de radiação solar Lex Luthor consegue envenenar Superman que está morrendo lentamente. Com pouco tempo restando o ultimo filho de Krypton precisa revelar sua identidade secreta a Lois Lane e combater Lex Luthor pela ultima vez.

Disposto a criar as raparigas perfeitas, o Professor utilizou na sua fórmula secreta ingredientes como açúcar, temperos e um ingrediente secreto chamado Elemento X. De suas experiências nasceram As Powerpuff Girls, que passam a dedicar suas vidas a proteger a cidade de Townsville dos vilões que a atormentam periodicamente.