L'ambition et son pouvoir sont au centre de Cremaster 3. L'action se déroule dans le Chrysler Building à New York, dans les années 1929-1930, au moment de sa construction. Matthew Barney superpose l'architecture du building au rite d'initiation des francs-maçons. Chez ces derniers, la progression se fait en trois grandes étapes (apprenti / compagnon / maître) et est marquée par une série d'épreuves. Seule une volonté inflexible permet d'accéder de la base au plus haut niveau et d'atteindre la perfection qui rapproche de Dieu. Cremaster 3 s'ouvre et se clôt par la légende celte de la formation des îles de la mer d'Irlande. Deux géants irlandais et un Ecossais vont s'affronter. Le plus petit d'entre eux a recours à la ruse pour l'emporter.

Une équipe de film arrogante investit une petite bourgade pittoresque de la Nouvelle-Angleterre. Ses habitants, à commencer par le maire et son épouse , se laissent attirer par le clinquant du show-business au détriment de leur vie paisible. Bob Barrenger, la star du film, est pris en flagrant délit de séduction d'une serveuse mineure. Au coeur de la tourmente, le réalisateur Walt Price, passé maître dans l'art de la conciliation, et le producteur agressif Marty Rossen tentent de corrompre l'intègre scénariste Joseph Turner White, afin qu'il mette ses principes de côté pour le bon déroulement du tournage et sa future carrière d'auteur. Parallèlement, celui-ci succombe au charme de Claire Wellesley, la libraire locale, qui le pousse à se battre pour ses convictions et à faire éclater au grand jour la vérité.

Suite au suicide d'un travesti connu, un inspecteur de police rencontre un psychiatre qui l'informe sur le travestissement en lui racontant deux histoires. La première : Glen ne peut avouer à sa fiancée qu'il aime porter ses vêtements, en l'occurrence ses pulls angora. La deuxième : Alan, qui décide de se faire opérer en devenant une femme.