اتفاقات فیلم در سال 2029 رخ می‌دهد زمانی که قدرت شفا بخشی ولورین به‌شدت کاهش یافته و پروفسور چارلز اگزاویر بسیار ضعیف شده است. با این حال، این دو به دنبال نجات یک دختر جهش یافته هستند. دولت در یک عملیات مخفیانه در نظر دارد که جهش یافته‌های زیر سن قانونی را دستگیر کرده و سپس آن‌ها را به سلاح‌هایی مرگبار تبدیل کند.
چهار قهرمان کوچک می‌خواهند با استفاده از قدرت اجداد پدریشان که انتقام جویان اصلی می‌باشند، موجودی پلید بنام "اولترون" را سرنگون سازند...
ژاپن در دههٔ ۲۰۶۰ به پیشرفت‌های بسیاری در زمینهٔ روباتیک دست یافته و سازمان ملل تحقیقات در این زمینه را ممنوع اعلام کرده است. از همین رو ژاپن در سال ۲۰۶۷ از سازمان ملل خارج می‌شود و یک جاسوس زن به نام وکسیل (به انگلیسی: Vexille) مأمور می‌شود تا وضعیت موجود را بررسی کند…