Le film reprend en le parodiant le principe de Fantasia de Disney : l'illustration de pièces de musique classique célèbres.

Tous les livres du royaume se vident étrangement de leurs histoires. Aussitôt, le bon roi Balthazar s’ennuie à mourir, entrainant avec lui son peuple tout entier dans une profonde déprime. « Ça, c’est encore de la faute de Boniface le conteur! » lance Pougne le hérisson grognon. Mais comment peut-il en être si sûr ? Pougne et ses amis réussiront-ils à faire revenir les histoires au royaume de Léon ?

Un agent immobilier malhonnête et ses deux complices sèment le désordre à Cocoanut Grove en essayant de vendre des terrains marécageux.

Ere préhistorique. Atouk et Lar, deux hommes des cavernes, font équipe pour former une tribu. Lorsqu'Attouk tombe amoureux de la compagne de Tonda, les choses se compliquent très vite...

Petit‑Pied et ses amis partent à la recherche d'une pierre tombée du ciel. Comme il est le seul à l'avoir vu tomber, personne ne le croit vraiment. Le déchu Pterano, oncle de Pétri, se rend à la vallée, malgré les ressentiment de ses vieux compères et propose d'aider les jeunes dans l'unique but de s'en emparer, car il pense qu'elle possède certains pouvoirs…

À la suite d'une pluie de météorites, l'approvisionnement en eau de la Grande Vallée est coupé, ce qui entraine une sècheresse et un rationnement strict de l'eau, sans compter les risques accrus d'incendie. Parallèlement à cette crise, Petit-Pied et ses amis sont victimes d'une brute, appelée "Chef", et de ses deux acolytes.

Un troupeau de Longs Cous nomades révèle d'importants changements de climat dans les régions voisines de la Grande vallée. Ce qui était autrefois une terre sèche est devenu le Pays des Brumes. D'étranges créatures inconnues ont commencé à apparaître dans ces marais pluvieux, tandis que d'autres sont venues vivre dans les hautes branches des arbres dont les Longs Cous avaient l'habitude de se nourrir. Aujourd'hui, Petit-Pied doit affronter les marécages, pour sauver son grand-père malade. Son seul espoir de guérison est de manger les pétales d'or de la fleur de la nuit qui ne pousse... qu'au Pays des Brumes. Désormais, tout repose sur Petit-Pied et ses amis préhistoriques, qui devront explorer les marais, échapper à de dangereuses créatures, et trouver les fleurs de la nuit à temps pour sauver son grand-père.

De pacifiques dinosaures sont convoités par le diabolique professeur Mauvais-Œil qui veut en faire l'attraction vedette de son cirque excentrique. Mais deux gamins des rues, Louie et Cecilia, veillent sur les doux monstres...

Philo Beddoe est en prise avec des gangsters qui l'obligent à remonter sur le ring pour un combat de boxe contre Jack Wilson. Son ami Clyde, l'orang-outang, adore déféquer sur le siège conducteur des voitures de flics, ce que lui reproche sans cesse Philo Beddoe. Clyde adore aussi boire sa bière au saloon en écoutant de la musique country.

A FernGully, Crysta s'amuse avec trois bébés animaux. Pendant ce temps, Pips et les scarabées mettent la pagaille comme à leur habitude et l'elfe se fait alors la réflexion qu'il commence à se lasser de leur chère forêt où chaque jour se ressemble. Mais c'est sans compter sur l'arrivée de deux braconniers, Mac et son Boss, accompagnés de leurs deux molosses, Mordant et Féroce. Ces derniers enlèvent les bébés animaux avant d'accidentellement incendier une partie de la forêt et de s'enfuir. Pips est alors décidé à se rendre dans le monde des humains pour trouver les bébés et les ramener. Il part pour cette mission guidé par Batty, la chauve-souris qui connait les humains mieux que personne à FernGully, et accompagné des scarabées. Pips va découvrir le monde des humains et se lier d'amitié avec une jeune acrobate qui vit avec son grand-père, Budgie. De son côté, Crysta recueille un pauvre Féroce blessé et abandonné par son maître lors de l'incendie et entreprend de le ramener chez lui