Noboru Yasumoto streber etter en enkel jobb som personlig lege for en velstående familie, og er skuffet når hans første stilling etter medisinsk skole tar ham til en liten klinikk på landet under den barske legen Red Beard. Yasumoto gjør opprør på mange måter, men Red Beard viser seg å være en klok og tålmodig lærer. Han introduserer gradvis studenten sin for de uglamorøse sidene av yrket, og gir ham til slutt i oppdrag å ta seg av en prostituert reddet fra et lokalt bordell.

Historien åpner i årene før andre verdenskrig, i en mystisk og eksotisk verden som fremdeles fortryller, når et japansk barn blir tatt fra sin lutfattige familie for å jobbe som tjener i et geishahjem. Til tross for en svikefull rival som nesten klarer å knuse henne, blomstrer den unge jenta og blir den legendariske geisha Sayuri. Hun er vakker og kultivert, og Sayuri trollbinder de mektigste menn i hennes tid, men er hjemsøkt av sin hemmelige kjærlighet til den ene mannen som er utenfor hennes rekkevidde…