Dopo anni passati a nascondersi dal mondo umano, le Tartarughe Ninja decideranno di uscire dall'ombra per sconfiggere una pericolosa banda criminale. Con l'aiuto della giovane giornalista April O'Neil affronteranno l'esercito di mutanti al servizio della banda e diventeranno gli eroi che tutti conoscono. Conquistati i cuori degli abitanti di New York, vivranno quindi una vita da normali teenager.

Due gangs di skaters si combattono per stabilire chi è la migliore, ma le cse si complicano quando uno dei ragazzi di una delle bande si innamora della sorella del suo rivale.