Leo, Ralph, Mikey og Donnie har alltid vært skjermet fra menneskeverdenen. Med håp om å vinne hjertene til resten av byen, og å endelig bli akseptert som vanlige tenåringer, begir skilpaddebrødrene seg ut på et heroisk eventyr. Deres nye menneskevenn, April O'Neill, bistår i jakten på et mystisk kriminalnetteverk, men når de plutselig står overfor en hel hær av mutanter, oppdager guttene at de kanskje har tatt på seg mer enn de kan håndtere.