Thomas A. Anderson čovjek je koji živi dva života. Po danu je običan kompjuterski programer, a po noći haker po imenu Neo. Neo je uvijek ispitivao stvarnost, no istina je daleko od onog što je zamišljao. Kada se nađe na meti policije, kontaktira ga Morpheus, legendarni haker kojeg vlada smatra teroristom. Morpheus pokaže Neu pravi svijet, pustoš u kojem je većina ljudi zarobljena od strane strojeva koji žive od ljudske tjelesne topline i energije, a njihove mozgove zarobljuju u umjetnoj stvarnosti nazvanoj „The Matrix“. Kao pobunjenik protiv strojeva, Neo se mora vratiti u Matrix i suočiti sa agentima – super-moćnim kompjutorskim programima kojima je jedina misija riješiti se ljuskih pobunjenika.

Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja. Zionom, posljednjim uporištem ljudskog otpora strojevima smještenom duboko pod površinom Zemlje, vlada vijeće kancelara među kojima u Nea najviše vjeruje iskusni Hamann. Prilikom još jednog razgovora s Oracle, tijekom kojeg posumnja da je i ona dio Matrice, Neo dozna da što prije mora pronaći Ključara, čovjeka uz čiju pomoć bi mogao doprijeti do samog Arhitekta, stvoritelja Matrice. No da bi pronašao Ključara, Neo se mora susresti s podlim Merovingianom, šefom podzemlja i ljubavnikom lijepe Persephone...

Hongkonški inspektor Lee (Jackie Chan) stigao je u SAD kako bi pomogao federalnim agentima koji tragaju za otetom kćeri kineskog veleposlanika. Gangsteri zahtijevaju pedeset milijuna dolara za puštanje djevojčice, a FBI se uskoro pokaže nemoćnim - prava prilika za Leeja da dokaže svoju odanost zemlji. Nažalost, Leejev se angažman ne svidi agentima, koji mu dodijele "dadilju" u obliku policajca Cartera (Chris Tucker), koji bi ga trebao nadgledati tijekom njegova boravka u gradu. Iako se Carter i Lee baš i ne podnose, uskoro udruže snage kako bi što brže pronašli otetu djevojčicu...

Spašavajući smrtno ranjenu Trinity i boreći se protiv agenta Smitha, okretni Neo, Odabrani kojem je proročica Oracle predvidjela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu. Dok on na virtualnoj postaji podzemne željeznice mora odabrati između života i smrti, u čemu bi mu mogli pomoći inženjer Rama-Kandra, otac djevojčice Sati, i zagonetni Skretničar, Morpheus, Trinity i Dječak suprotstavljaju se zlom Merovingianu. Kad se vrati među žive, Neo shvati da se mora vratiti izvoru i spoznati sama sebe, jer agent Smith svakim trenutkom postaje sve snažniji i opasniji. O ishodu njihova sukoba ovisi budućnost čovječanstva i pobjeda nad Matricom. U međuvremenu, strojevi se približavaju Zionu, a u obrani kolonije sudjeluje i odvažna Zee, supruga Neova suborca Linka. Istodobno, izdajnik Bane ubojstvom liječnice pokaže svoje pravo lice...