Představte si, že vaše realita je jen iluzí a vaše nejtemnější noční můry jsou ve skutečnosti pravdivé. Představte si, že vaše současnost je vlastně minulostí a to budoucí se děje právě teď. Když si to dokážete představit, potom se budete cítit jako hrdina snímku Matrix, Thomas Anderson. A věřte, že to nebude příjemný pocit.

Druhé pokračování trilogie Matrix nás opět zavede do temného světa budoucnosti ovládaného stroji. Lidstvo stále trpí v otroctví virtuální reality, z kterého ho může osvobodit jen Vyvolený. Nea s Morpheem a Trinity čeká boj s armádou strojů a jejich arzenálem počítačově nelidských schopností a zbraní. Pokud ale chtějí zastavit zotročování lidstva, není jiná možnost než boj na život a na smrt. Nezbývá jim nic jiného než proniknout hluboko do struktur Matrixu a během 72 hodin objevit a zlikvidovat centrum Zion i s jeho pomocnými jednotkami. Neo ve svých temných nočních můrách vidí, že Trinitiným osudem je smrt. Dokáže se znovu vzepřít osudu a svou mocí zastavit nekonečné útoky strojů?

Je poklidná noc v Los Angeles roku 1937. Starší seriózní pán odchází z hotelového pokoje, nechává uvnitř spící mladé dívce nějaké peníze a u barmana písemný vzkaz. Poté se vrací domů ke své ženě. Pak se mu náhle podivně blýskne v očích a probere se v zajímavě vybavené laboratoři v roce 1999. Zmiňovaná možnost skoků mezi dvěma světy nevyplývá z vynálezu stroje času, jedná se pouze o velmi dokonale zhotovenou virtuální realitu, na jejíž realizaci se Hannon Fuller rozhodující měrou podílel. Jenže Fullera v jeho virtuálním světě někdo bez jediné stopy zavraždí. Z Fullerovy smrti je obviněn jeho mladý partner Douglas Hall, který musí přijít na to, co se stalo, dřív, než ho nepříjemně vlezlý detektiv McBain usvědčí a nechá zavřít.

Kevin Flynn je počítačový expert, který se živí tvorbou her. Soustavně se ale také nabourává do počítačové sítě firmy Encom a snaží se z ní získat důvěrnou informaci. To se ale nelíbí hlavnímu programu, který se rozhodne přenést Flynna do svého království, elektronické civilizace, plné nástrah. Flynn se teď musí probojovat přes počítačové hry a pokusit se zneškodnit neovladatelný a nebezpečný hlavní ovládací program. Jeho jedinou nadějí je odvážný a věrný program Tron, který jako jediný je schopen mocného nepřítele porazit.

Neo se společně s Trinity a Morpheem dostává do finálové bitvy proti počítačovým vládcům univerza. Zion je v podstatě dobytou baštou lidského odporu, vzbouřenci přicházejí o jednu loď za druhou a zrada číhá i v jejich řadách. Neo má navíc problém se svojí jedinečností. Není to však jenom manipulace? A jak rozlišit lidskost od pouhé iluze? Začíná akčnější a napínavější příběh, než oba dva předešlé...

V megaměstě budoucnosti, ve kterém většina lidí tráví čas ve virtuálním světě, se pohybuje agent najatý firmou, jež poskytuje služby ve sféře virtuální reality. Je na stopě teroristům s vražednými úmysly, po kterých pátrá jak ve virtuálním, tak ve skutečném světě.