A Kyushu, au sud-ouest de l'archipel japonais, un matin de chaleur estivale... Une sanglante prise d'otages dans un bus municipal épargne le chauffeur Makoto, une écolière, Kozue, et son frère aîné, Naoki. Traumatisé, Makoto disparaît. Les deux enfants s'enferment dans le silence. Deux ans plus tard, leur mère divorce, leur père meurt au volant de sa voiture. Les voilà seuls dans la maison familiale. Makoto réapparaît soudain et décide de s'installer chez eux, rejoint bientôt par le cousin des adolescents, Akihiko, un étudiant en vacances. Le corps d'une femme est retrouvé sur la berge d'une rivière et la police soupçonne Makoto. Peu de temps après, celui-ci achète un bus d'occasion, l'aménage en camping-car et invite Kozue, Naoki et leur cousin à partir en voyage.

Japon féodal, ère Edo : Ittô Ogami est le bourreau officiel du Shôgun. Cette fonction, convoitée par tous les maîtres d'armes de la cour, consiste à décapiter les suzerains vassaux condamnés, pour rébellion, au hara-kiri. Elle procure le privilège d'arborer le blason du Shôgun, d'être admis à ses audiences personnelles., Retsudô Yagyû, maître d'armes assoiffé de pouvoir, compte bien récupérer pour son compte ce poste prestigieux... Un jour, Ogami est accusé à tort par Retsudô de comploter contre le Shôgun. Déchu de ses titres, condamné à se faire hara-kiri, il choisit de fuir avec son fils. Conscient que cette affaire, si elle s'ébruitait, porterait atteinte à la légitimité de son pouvoir, le Shôgun ordonne secrètement à Retsudô, à son clan de redoutables ninjas d'éliminer au plus vite Ittô Ogami. Devenu tueur à gages sous le nom du Loup à l'enfant, l'ancien bourreau du Shôgun n'a plus qu'une raison de vivre : se venger de Retsudô, prouver son innocence...

Seita, quatorze ans et sa petite sœur Setsuko âgée de quatre ans, sont orphelins. En cet été 1945, la ville de Kobe, où ils habitaient avec leur mère, a été rasée par les bombardements américains. Ils sont recueillis par une tante éloignée à Nishinomiya. Malgré les souffrances dues à la la guerre, leur séjour s'annonce bien. Ils ont pu apporter quelques provisions avec eux à la grande satisfaction de leur famille d'accueil. Cependant, au fil des jours, les relations avec leur tante se dégrade. Elle devient de plus en plus tyrannique et les considère comme des enfants paresseux, sans reconnaissance à son égard.

Sur la route, le Loup à l'enfant est provoqué en duel à cinq reprises par les meilleurs guerriers du fief Kuroda, chargés de vérifier son invincibilité avant de lui confier une mission cruciale : tuer le moine Jikei qui s'apprête à trahir leur suzerain en remettant au clan Yagyû un document compromettant : Kuroda, amoureux fou de sa concubine et manipulé par elle, a en effet signé un décret interne faisant de leur fille son héritière, au détriment de son fils légitime. Ogami accepte le travail et part à la recherche du moine. Mais le clan Yagyû est prêt à tout pour récupérer le document qui lui permettra, au nom du Shôgun, de démanteler le fief Kuroda et de récupérer ses territoires.

Tueur à gages infaillible, le Loup à l'enfant fait figure de sauveur pour les fiefs vassaux menacés de démantèlement par le pouvoir central. Un jour, il vient en aide à une jeune paysanne condamnée à la prostitution par un clan yakuza et accepte d'être torturé à mort en échange de sa liberté. Impressionnée par son courage, la femme dirigeant le clan comprend bientôt qu'elle a affaire au fameux Loup à l'enfant et lui raconte son histoire : avant de devenir yakuza, elle était la fille d'un grand samouraï déchu après la condamnation de son suzerain victime d'un complot mené par un vassal ambitieux. Ogami accepte de tuer le traître. Mais l'homme, devenu depuis gouverneur, va lever une armée entière contre le Loup à l'enfant, convaincu qu'en l'éliminant, il s'attirera les faveurs du clan Yagyu…

Incapable de venir à bout d'Ittô Ogami, Retsudô Yagyû n'a plus les faveurs du Shôgun. Ce dernier, qui ne croit plus aux chances d'un règlement secret de l'affaire, est sur le point de reconnaître officiellement l'existence du trublion Ogami alias Le loup à l'enfant et d'ordonner son arrestation par décret. Retsudô joue alors sa dernière carte pour regagner la confiance de son maître : la magie noire, arme déloyale personnifiée par le dernier de ses fils, Hyoé, fruit d'une liaison adultère, et qu'il avait pour cause toujours caché. Le dernier rejeton du presque déchu Retsudô Yagyû va lancer contre Le loup à l'enfant ses mygales ninjas aux redoutables pouvoirs surnaturels…

Mika, infirmière le jour et hôtesse la nuit, et Shinji, ouvrier intérimaire dans le bâtiment, se rencontrent plusieurs fois par hasard dans Tokyo. Tokyo exacerbe en eux deux les mêmes angoisses : la peur de la mort, de la solitude, de la pauvreté. Leur rencontre va peut-être leur permettre de surmonter leur fatalisme.

Yutaka Yoshii sort d'un coma qui a duré dix ans. Il a aujourd'hui vingt-quatre ans et se retrouve dans un monde qui a considérablement changé. Sa famille a eclaté, ses parents ont divorcé tandis que sa soeur revient tout juste des Etats-Unis. La maison familiale qui était un hôtel ranch est devenue une sorte de pisciculture tenue par le très peu conformiste Fujimori, un ami du père. Yutaka aimerait rouvrir le ranch. Il s'apercoit bien vite que c'est un rêve d'enfance qui ne pourra pas se realiser...

Durant la Seconde Guerre mondiale, en 1944, le général Joseph Stilwell ordonne le déploiement en Birmanie des unités américaines de volontaires destinées à vaincre la résistance de l'armée impériale japonaise. Parmi elles se trouve l'Unité Galahad (5307), commandée par le général Frank Merrill, et surnommée « Les Maraudeurs de Merrill ». L'unité, dont le rôle est d'appuyer la Force X progresse difficilement dans la jungle birmane, d'un point d'attaque à l'autre, et ses hommes vite épuisés par des marches forcées et des attaques contre des forces mieux équipées. Le général Merrill souffre lui-même de problèmes cardiaques, mais le cache à ses hommes et les exhorte à poursuivre l'avancée.

Une ado voit sa vie paisible bouleversée lorsque son voisin arrogant en fait sa servante. Il a beau l'aimer, ces deux-là ont beaucoup à apprendre sur la confiance.

La sublime épouse d'un PDG refuse de se soumettre aux fantasmes de son mari. Frustré, ce dernier demande à l'un de ses employés modèles, dont la mère fut, après la Seconde Guerre mondiale, une "maîtresse" réputée, de l'initier à des plaisirs interdits.

Un moine bouddhiste incarne Bashô, le grand poète japonais, et suit les traces de son journal de voyage à travers le pays, à pied et parfois à cheval. En route il compose plusieurs de ses fameux haïkus. Un film sur la poésie, la méditation, une vision presque «zen» d’une nature inviolée, originelle, comprise comme un paradis perdu.