پسرکی یتیم به نام «هوگو» در مکانی مخفی در لابلای دیوارهای ایستگاه قطار در شهر پاریس زندگی می‌کند. هوگر اخیراً پدر خود را از دست داده اما به تازگی نشانه‌هایی دریافت کرده که به نوعی به سرنوشت پدرش مرتبط می‌شود …
تِد، کارمند یک موزه هست که توسط صاحب موزه، به مأموریتی فرستاده می‌شود تا مجسمه‌ای گمشده را که در آفریقا قرار دارد به موزه بیاورد. اما تِد به‌طور اتفاقی یک میمون را به‌جای آن با خود می‌آورد و…
ماجرای فیلم ادامه قسمت اول (Night at the Museum 2006) است که حول و هوش اتفاقاتی است که در موزه اسمیت سونیان واشنگتن رخ می‌دهد. (بن استیلر) که بعد از اتفاقات داستان اول از شهر خارج شده بعد از گذشت چند وقت به شهر بر می‌گردد و متوجه می‌شود که موزه قبلی تعطیل شده و تمام اشیاء عتیقه این موزه به موزه جدیدی در واشنگتن انتقال پیدا کرده. شخصیت‌های جدید این قسمت ماجراهای جالب و خنده داری رو رقم می‌زنند که هر بیننده‌ای رو به خودش جلب می‌کند …