Na trama, uma elite de elfos high tech trabalha na véspera de Natal com o objetivo de garantir que as casas do mundo estejam preparadas para a visita do Papai Noel. Mas, depois de trabalhar anos e anos sem parar, um dos elfos, Wayne, se chateia por não ser promovido. E, para piorar, ganha um parceiro novato chamado Lanny. Durante a missão, a dupla encontra desafios inesperados que ameaçam o Natal de todas as crianças. Agora, será necessário um grande esforço de dois elfos incompatíveis para salvar a temporada de festas.

Quando o Pai Natal e as suas renas se despenham em Madagáscar, cabe ao Alex, ao Marty, à Gloria, ao Melvin e aos pinguins salvar o Natal.