داستان طومار نینجا درباره یک شمشیرزن بدون استاد و سرگردان به نام کیباگامی جوبی است که به تنهایی سفر می‌کند و به استخدام کسانی که به او به عنوان پاداش طلا و چیزهای با ارزش می‌دهند در می‌آید. در آن زمان ژاپن در بحران به سر می‌برد و بیماری طاعون در حال نابودکردن روستاها بود و حتی خود دولت ژاپن را نیز درگیر کرده بود. جوبی نیز به طور غیرمستقیم درگیر برنامه یک گروه شیطانی به نام ۸ شیطان شد، که هدف آن‌ها تسخیر ژاپن بود.

بروس وین که در کودکی شاهد قتل پدر و مادرش بوده و نمی تواند این خاطرات تلخ را از ذهنش پاک کند همچون آواره ای از یک نقطه به نقطه دیگر جهان سفر کرده و با تبهکاران مبارزه می کند . او در نقطه ای از آسیا با فردی مرموز به اسم هنری دوکارد آشنا می شود که به او پیشنهاد می کند با انجام تمرینات سخت فیزیکی به عضویت انجمن سایه ها به رهبری “راس ال گول” درآید . بروس می پذیرد و تمرینات دشوار را با موفقیت پشت سر می گذارد اما زمانیکه انجمن از او می خواهد فرد بیگناهی را بقتل برسانتد قبول نکرده و به زادگاه خود شهر گاتهام بر می گردد تا …

فیلمی اسپین آف بر مجموعه‌ی جی.آی.جو که به داستان‌های شخصیت چشمان مار می پردازد و لایه‌های جدیدی از این شخصیت را به پرده‌ی تصویر می‌کشد.

لاکپشت‌های نینجا تلاش می‌کنند جهان را از چنگ اهریمنی که قصد نابودی دنیا را دارد نجات دهند.