El capitán Dave Morgan, en cautiverio, envía un mensaje de auxilio desde su prisión. Rescatarlo atravesando las peligrosas selvas vietnamitas, infectadas de trampas y emboscadas, es el tipo de misión que sólo Chris Boton y su grupo de comandos puede afrontar.

Han pasado dos años desde que acabó la Cuarta Guerra Shinobi y con ello la última pelea entre Naruto y Sasuke. Konoha se encuentra en paz, pero un nuevo enemigo amenaza esta paz. La luna que fue creada por el sabio de los seis caminos cuando sello al Jūbi, se perturba y empieza a dirigirse a la tierra en forma de un meteorito gigante, se descubre que el causante de esta inminente tragedia es alguien llamado Toneri Ōtsutsuki quien es el último descendiente del Clan Ōtsutsuki, cuyos miembros habitaron en la luna los último mil años. En medio del inminente desastre Toneri Ōtsutsuki intenta secuestrar a Hinata, pero Hannabi, la hermana menor, es quien termina siendo raptada, es entonces donde Naruto y los demás deberán rescatarla y vencer a Toneri Ōtsutsuki antes de que sea demasiado tarde y así descubrir las verdaderas intenciones de Ōtsutsuki.

Kichi es un poderoso ninja que huye del clan Takeda, y más concretamente de otro ninja llamado Saburoza. En su viaje conoce a dos hombres misteriosos. El primero es un enemigo sin demasiadas ganas de jugarse la vida; Doko Harima. El otro es un alegre vagabundo convencido de que algún día será el señor de Japón, y su nombre es Tokichiro Kinoshita. Este último les convence para unirse a los Bashaku y transportar 300 rifles hasta su señor Nobunaga Oda

Nueva York está en peligro debido a que Shredder y El Clan del Pie, dominan la ciudad y ejercen un férreo control sobre todo, incluyendo policía y políticos. Pero cuatro héroes, Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael, saldrán de las alcantarillas y con la ayuda de la reportera April y su compañero Vern Fenwick intentarán salvar la ciudad.

Reese, un miembro de élite de una unidad secreta de Ninja Warriors, es capturado. Al ser torturado para sacarle información, Reese recuerda las lecciones aprendidas de su entrenamiento para librarse de su captor y evitar que un mal conglomerado arme un arma peligrosa.