צוללת גרעינית של צי ארה"ב קולטת אות סונרי לא ברור במעמקי הים הקריבי. אות שמוביל להתרסקות ולמבצע חילוץ מסובך ומסוכן שבסופו מתגלית לבני האדם ציביליזציה חייזרית במעמקי האוקיינוס.
1914: מילו טאצ', נכדו של העובד הגדול, ת'אדיאוס טאצ' העובד בחדר הדוד-חימום במוזיאון. הוא יודע שאטלנטיס היה אמיתי, והוא יכול להגיע לשם אם היה בידו העיתון המסתורי של שפארדס, שיכול להדריך אותו לאטלנטיס. אבל הוא צריך מישהו שיממן את המסע. המעסיק שלו חושב שהוא שוטה, ומסרב לממן כל רעיון מטורף שלו. הוא חוזר הבייתה לדירתו ומוצא אישה שם. היא לוקחת אותו לפרסטון ב. וויטמור, חבר וותיק של סבו. הוא נותן לו את העיתון של שפארדס, צוללת וצוות 5 כוכבים. הם נוסעים דרך ההאוקיינוס האטלנטי, מתייצבים מול לובסטר גדול הבא לבקר את הליוויתן, ולבסוף מגיע לאטלנטיס. אבל האם לצוות האטלנטיס יש תשוקה לגילוי, או משהו אחר?
מסע הצלה לתוך גופו של מדען, בצוללת זעירה, כדי לחלץ מתוכו קריש דם,בסרט מדע בדיוני, שבו קיימת אפשרות להקטין חפצים ואנשים לגודל מילימטרי.
אפריל 1942. הצי הגרמני, השולט בקווי החזית הימית באמצעות צופן ה"אניגמה" הבלתי ניתן לפיענוח, מטביע לא מעט משחתות אמריקניות. מפקדי הצי האמריקני מנסים למצוא דרך לשים קץ לדבר, כשלפתע מגיעה ההזדמנות המיוחלת: צוללת גרמנית נפגעת ונתקעת במימי האוקיאנוס האטלנטי. אנשיה משגרים בקשת עזרה וצוללת גרמנית אחרת אמורה להפליג לעברם כדי לחלצם. אנשי הצי האמריקאי מתכננים לשגר צוללת משלהם לעבר הצוללת הגרמנית התקועה. חלק מהמלחים האמריקאים יתחזו לחיילים גרמנים וכך ישתלטו על הצוללת, יאספו את מתקן האניגמה הנמצא בביטנה, יקחו את הנאצים ובשבי ויטביעו את הצוללת. הנאצים שיחשבו שהצוללת שקעה למצולות עם המיתקן ימשיכו להשתמש בצופן ללא חשש, והאמריקנים יפענחו את כל המבצעים והיעדים המתוכננים...אבל האם תצליח התוכנית הנועזת???
רובינסון (גו'ד לואו), קפטן צוללת, שלוקח איתו חברים ותיקים אל קרקעית הים השחור בחיפוש אחר צוללת נאצית ששקעה, בה נמצאים לטענתו מצבורי זהב שהיו שייכים להיטלר. אולם במצולות משהו קורה במארג העדין של הצוות. אלו פונים אחד נגד השני, בעוד שבעצם הם צריכים להתמודד מאוחדים נגד האיום של כוחות הטבע אשר מאיימים לסיים את חייהם במעמקים.