일본으로 떠나는 롭을 위한 뉴욕시내의 송별 파티장. 친구 허드는 떠나는 롭에게 전할 마지막 인사를 캠코더에 담느라 분주하다. 파티의 분위기가 무르익을 무렵, 어디선가 알 수 없는 괴성이 들려오며 파티장은 순식간에 암흑에 휩싸이고, 지진이 발생한 듯 도시 전체가 요란하게 흔들린다. 당황한 일행 중 누군가가 급히 TV를 켜자, 뉴스에서는 ‘정체불명의 거대괴물이 맨해튼 시내를 무자비하게 파괴하고 있다! 즉시 대피하라!’는 뉴스만이 반복된다. 다급히 옥상으로 올라가 바깥상황을 살펴본 롭과 일행은 처참히 파괴되어가는 도시와 ‘그 놈’이 날려버린 자유의 여신상의 머리가 길바닥에 나뒹구는 사태를 바라보며 놀라움을 금치 못한다. 절체절명의 위기 속에서 다급해진 롭은 미들타운에 사는 여자친구 베스에게 연락을 취하지만, 불통이다. 친구들의 만류에도 분류하고 롭과 일행은 베스를 구하러 미들타운으로 향하는데…

엉뚱한 판단으로 운좋게 사건을 해결해가는 비밀요원 딕스 대령. 달기지 베이건의 '인간-외계인부'의 행정관인 미모의 카산트라 미나지 양을 만나, 현재 백악관에 있는 대통령이 진짜 대통령이 아니라는 사실을 알게된다. 진짜 대통령은 달기지에 감금되어있고, 현재 대통령 행세를 하고 있는 사람은 대통령의 복제인간인 것. 대통령을 구출하는 임무를 맡게된 딕스 대령은 달로 향한다. 달기지의 연구 책임관인 프랫 박사를 만난 딕스 대령은 그곳에서 수많은 복제실험이 행해지고 있음을 알게된다. 프랫 박사의 방을 뒤져 달기기 설계도를 찾아내 대통령이 어디 있는지 알아내려던 딕스 대령은 아슬아슬하게 프랫 박사의 눈을 피해 도망치지만 결국 들켜서 프랫 박사의 협박을 받게된다. 하지만 딕스 대령의 설득으로 맘을 고쳐먹은 듯 보이는 프랫 박사에 의해 대통령을 쉽게 찾아 지구에 있는 가짜 대통령과 바꿔치기 하지만, 사실 이 모든 것이 거짓이었고, 진짜 대통령을 가짜와 바꾸는 일에 동참했다는 사실을 알게 되는데.