Die Riesenechse Godzilla wird bei der Zerstörung ihrer Insel immens radioaktiv verstrahlt. Doch das Monster Destroyah wütet in Japan und nur Godzilla kann es mit ihm Aufnehmen und die Menscheit retten.

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Yuji Shinoda ist Godzilla-Spezialist und hat seinen Job gekündigt, um sich Vorhersagen über zukünftige Angriffe des Monsters zu widmen. Die Wissenschaftsjournalistin Yuki Ichonose hält dies für eine gute Sache und unterstützt ihn dabei. An Arbeit mangelt es den beiden nicht, denn schon bald taucht Godzilla aus den Fluten des Meeres auf und zerstört die ganze Stadt Nemuro. Verzweifelt versuchen die Wissenschaftler einen Zusammenhang zwischen dem Auftauchen Godzillas und einem sonderbaren Kometen herzustellen, der kurz zuvor in einem See entdeckt wurde. Während Godzilla sich auf den Weg zum Kernkraftwerk macht entpuppt sich der Meteor als gigantisches Ufo. Es attackiert Godzilla mit einem Hyperblast, der in aufs offene Meer trägt. Durch die enorme Wucht wird auch das Ufo stark beschädigt und es scheint als hätten sich die beiden Gegner selbst zerstört. Aber dann tauchen sie plötzlich wieder auf und die Finale Schlacht beginnt...

Im Jahr 1999 hat die menschliche Gesellschaft Kriege und Krankheiten hinter sich gelassen. Auch die Bedrohung durch urweltliche Monster wie Godzilla und Rodan besteht nicht mehr. Die Ungeheuer wurden auf der Insel Ogasawara in einer Art Reservat untergebracht und stehen unter ständiger Beobachtung durch führende japanische Wissenschaftler. Doch die Erde steht plötzlich einer großen Katastrophe gegenüber, als sich Außerirdische vom Planeten Kilaak der Monster bemächtigen und sie die Hauptstädte der Erde angreifen lassen. Godzilla in New York! Rodan über Moskau! Mothra in Peking! Wie soll man die Ungeheuer wieder unter Kontrolle bringen und die Macht der Kilaaks besiegen?

Deutschland 1945: Nazis brechen in das Laboratorium des Dr. Reisendorf, um sich dessen wertvollsten Besitz, das Herz des Frankenstein-Monsters, anzueignen. Per U-Boot wird dieses dann nach Hiroshima überführt, doch schon kurz nach der Übergabe an japanische Wissenschaftler schlägt eine Atombombe in Hiroshima ein. Zwar ist das Herz des Frankenstein-Monsters unzerstörbar, geht aber in den weiteren Kriegswirren verloren. 16 Jahre später entdeckt Dr. James Bowen (Nick Adams) dort einen affenähnlichen Jungen in einer Höhle, der gegen die örtliche Radioaktivität immun zu sein scheint, sich von Tieren ernährt und in einem unheimlichen Tempo wächst...

In der Stadt Nome in Alaska geschehen seit den 60er Jahren seltsame Dinge, viele Menschen berichten von Schlafproblemen und von "Eulen" die sie Nachts gesehen haben wollen. Einige Einwohner sind verschwunden, manche tauchen wieder auf, andere nicht. Das FBI hat überdurchschnittlich oft in der Stadt ermittelt, jedoch immer ohne ein Ergebnis. Nach dem Tod ihres Mannes, der viele dieser Vorfälle untersucht hat, übernimmt die Psychologin Dr. Abigail Tyler die Untersuchungen. Sie versucht es schließlich bei einem ihrer Patienten mit Hypnose, doch dabei wird dieser mit einem so erschreckenden Erlebnis konfrontiert, dass er anschließend seine Familie und sich selbst erschießt. Der Sheriff der Stadt macht Dr. Tyler Vorwürfe und glaubt ihr auch ihre Untersuchungsergebnisse nicht. Einzig von dem befreundeten Kollegen Abel Campos wird sie unterstützt. Ein weiterer Versuch bei einem Patienten unter Hypnose etwas zu erfahren endet ebenfalls äußerst tragisch.

Es sah danach aus, als würde Jake Pentecost eine glorreiche Zukunft als Jäger-Pilot haben und die Menschheit so im gigantischen Roboter vor den riesigen Wassermonstern Kaiju beschützen. Damit hätte er in die Fußstapfen seines Vaters Stacker treten können, der sich im Widerstand gegen die Kreaturen aus einer anderen Welt opferte. Aber weil Stacker in Jakes Schwester Mako Mori mehr Hoffnungen legte und der junge Mann die Erwartungen des Vaters nie zu erfüllen vermochte, schmiss er das Pilotentraining und landete in der Unterwelt, wo er Dieb und Schwarzmarkthändler wurde. Doch die Menschheit braucht ihn im Angesicht einer nie zuvor gesehenen Bedrohung. Mako führt ein neues Team junger Jäger-Piloten an, zu dem auch Jake stoßen soll. Gemeinsam mit seinem Rivalen Lambert, der Hackerin Amara und der ebenso mutigen wie konfliktbeladenen Jules Reyes wird Jake Teil der wichtigen Verteidigungstruppe…

Über der Arktis kommt es zu einem Zusammentreffen mehrerer Flugzeuge der Atommächte, bei dem eines mit Nuklearwaffen an Bord abstürzt. Die darauffolgende Explosion setzt das Monstrum Gamera frei, eine riesenhafte Schildkröte, die daraufhin das Expeditionsschiff Dr. Hidakas zerstört, der bereits nach Gameras Spezies gesucht hat. Nach einigen mysteriösen Sichtungen taucht Gamera an der Küste auf und rettet dem Jungen Toshio das Leben, als es einen Leuchtturm zerstört. Von da an ist Toshio überzeugt, daß die Regierung das Falsche tut, als es versucht, Gamera zu stoppen oder umzubringen. Denn die Schildkröte hat noch ein paar ganz besondere Fähigkeiten der Fortbewegung und ist schwer zu kriegen...

Dem skrupellosen Chef von „Apocalypse Inc.“ steht nur noch Melvin, der Beschützer der Stadt Tromaville, im Weg, um den Ort in seine Gewalt zu bringen. Sein Plan geht fürs Erste sogar auf, indem er den mutierten Held mit einer List nach Japan lockt, doch dessen Vergeltungsschlag lässt nicht lange auf sich warten.

Die hochtechnisierte Welt der Zukunft leidet unter den Folgen der Umweltschäden des 20. Jahrhunderts. Da die Menschen unfruchtbar geworden sind, senden sie Zeitkrieger unter Führung der Amazone Louise in die Vergangenheit, um Menschen aus abstürzenden Flugzeugen für ein künftiges Weiterleben zu retten. Nach der Kollision zweier Jumbo-Jets findet Katastrophenexperte Bill Smith eine Waffe aus der Zukunft. Da eine Veränderung der Vergangenheit Zeitbeben erzeugt, wird Louise erneut geschickt, um den Fund zu verhindern. Bill und die Kriegerin verlieben sich. Sie können die Katastrophe nicht aufhalten, retten aber wenigstens sich selbst und eine Vielzahl gesunder Menschen in eine noch fernere Zukunft.