Filmas "Labirinta skrējējs" turpinājuma sākumā Tomass (Dilans O'Braiens) un pārējie izdzīvojušie meklē norādes par kādu noslēpumainu, ietekmīgu organizāciju. Drīz vien viņi nonāk svelmainā tuksnesī, kas ir pārpilns ar neiedomājamiem šķēršļiem, kā arī tur viņus gaida šokējošs pārsteigums. Vai viņiem izdosies vēlreiz izdzīvot šausminošos pārbaudījumos?
Ekoloģijas studentu komanda, kuru vada slavens vides aizstāvis, atklāj, ka dažus noslēpumus labāk atstāt neatklātus zem perfekti saglabājušās sasaluša mamuta mirstīgajām atliekām un atklāj, ka sens parazīts gadsimtiem ilgi inkubējās iekšā zvērā. Doktors Deivids Krupiens pēta kūstošu ledus grēdu Arktikā un atklāj aizvēsturisku paraugu kādu pētnieki nekad nav redzējuši. Sajūsmā par tik ievērojamu atradumu, Doktors Krupiens izsauc četrus labākos skolniekus uz bāzi lai piedalītos rakšanā. Taču kaut kas nav kārtībā, drīz pēc smagā aizvēsturiskā zvēra izrakšanas no ledus, studenti tiek apbērti ar neidentificētu kukaiņu spietu, kas ieurbjas dziļi miesā un dēj olas, lai vairotos. Ar katru jauno infekciju iespējas ieroežot parazītisko postu samazinās. Tagad iesprostoti Arktikā, kamēr viņu skaists ātri samazinās, izmisušie studenti saprot, ka vienīgā cerība apturēt parazītus no pārējo iedzīvotāju sasniegšanas ir izolēt bāzi pat tad, ja tas prasīs viņu dzīvības.