바람이 휘몰아치는 영국 무어땅에 있는 황량한 고딕 양식의 저택 - 은밀한 비밀을 가진 한 가족. 그리고 사랑과 우정이 꽃피고 몸과 마음의 건강을 되찾을 수 있는 아름다운 숨겨진 화원. 이 마술의 세계에 고전적인 가족 이야기 '비밀의 화원'이 자리를 잡는다. 세명의 외로운 어린이들의 삶과 성격 - 독립심이 강한 메리(케이트 메이벌리 분), 마음이 삐뚤어지고 화를 잘 내는 콜린(헤이든 프라우즈 분), 그리고 성품이 온화하고 비세속적인 시골 소년 디콘(앤드류 노트 분) - 은 그들이 만나서 우정을 쌓고 그들의 비밀스런 은신처였던 오랫동안 잠겨져 있던 화원에 새 생명을 가져다 주는데...

동거하는 남자친구로부터 엄마 로레인의 사망소식을 듣고 급히 그녀의 집으로 향한 퍼슬레인. 그러나 이미 장례식은 끝난 후였고, 그녀를 맞이하는 것은 엄마의 친구라는 늙고 괴팍한 바비 롱과 글을 쓴다는 그의 제자 로슨. 결국 이 셋은 로레인이 유산으로 남긴 집에서 원하지 않는 동거 생활을 시작하는데...

거대한 트럭들만이 무서운 속도로 지나 다니는 한적한 도로변. 이 외딴 곳에 루이스(Louis Creed: 데일 미드키프 분) 일가가 이사오면서부터 공포는 시작된다. 짐을 풀기도 전에 딸 앨리(Ellie Creed: 브라이즈 버달 분)는 집 앞 그네에서 떨어지고, 아들 게이지(Gage Creed: 미코 휴스 분)는 트럭에 치일 뻔하며, 집 앞에는 이상한 분위기의 어디로 통하는지 알 수 없는 작은 오솔길이 있다. 주위의 건물이라고는 애완동물 묘지의 관리인인 크렌들씨((Jud Crandall: 프레드 그윈 분)가 거주하고 있는 관리소 뿐이다. 고양이가 죽자 루이스는 크렌들과 함께 인디언의 묘지에 묻게 된다. 그런데 다음날 고양이가 살아 돌아온다. 하지만 고양이는 전과는 다른 행동을 하는데.

미니는 다른 10대 소녀들처럼 자신을 수용해 주고 목적의식이 있는 사랑을 갈망한다. 미니는 “세상에서 제일 잘생긴 남자”인 엄마의 남자친구 먼로와 복잡한 밀회를 가지게 되는데...