Japan, 2030. Die Technologie ist weit fortgeschritten, Kriminalität plagt die menschliche Gesellschaft — und hier kommt Motoko Kusanagi und die Sondereinheit von Sektion 9 ins Spiel. Bewaffnet mit der neusten Hard- und Software folgen sie dem "Laughing Man", ein mysteriöser Hacker, der schwere Computerverbrechen begangen hat. Es scheint, als ob er sich in die Gehirne von Menschen hackt und sie so zu seinen Marionetten macht. Aber wie fasst man einen so genialen Hacker, der nur ein lachendes Gesicht als Visitenkarte zurück lässt?
Die Wissenschaftler Max und Albert nehmen an einem Experiment teil und lassen sich einfrieren, um drei Jahre später wieder aufgetaut zu werden. Das Experiment misslingt, denn statt nach drei Jahren im Kälteschlaf erwachen sie erst im Jahr 2044. Max und Albert können zunächst ihr Glück nicht fassen. Zwar sind sie fast 50 Jahre zu spät dran, aber die Welt hat sich verändert. Frauen, wohin man sieht. Bald wird klar, die beiden sind die einzigen Männer, die es überhaupt noch gibt. Nach einem Krieg gibt es nur noch Frauen, Männer werden nicht mehr gebraucht, denn der Nachwuchs kommt aus der Retorte. In diesem totalitär regierten Frauenstaat gelten Max und Albert als “archäologische Funde”, unnatürliche aggressive Urwesen, die in die Gesellschaft zwangsintegriert werden müssen.
In der Stadt ohne Stimmen haben die Bewohner ihre Fähigkeit zu sprechen verloren. Ein diktatorischer Herrscher namens Señor TV kontrolliert die Bevölkerung über das Fernsehen. In seiner Gewalt befindet sich die Sängerin La Voz, die sich ihre Stimme noch bewahrt hat. Auch der Sohn der Sängerin, der von der Außenwelt zurückgezogen lebt und keine Augen hat, beherrscht das Sprechen. Ein Fernsehtechniker, dessen Tochter sich mit dem Jungen angefreundet hat, bemerkt dies und schmiedet Pläne, mit Hilfe einer alten Antenne auf einem nahegelegenen Berg und der Stimme des Jungen der Bevölkerung wieder zum Sprechen zu verhelfen.
Der Programmierer und Spieleentwickler Kevin Flynn wurde um seine Arbeit betrogen und gefeuert. Versuche, Beweise dafür im Hauptcomputer seiner ehemaligen Firma zu beschaffen, blieben bislang erfolglos, aber nicht unentdeckt. Ein letzter Versuch an Beweise zu kommen ist ein Computer-Hack aus dem Inneren der Firma. Das ist aber nur mit Hilfe von seiner Ex-Freundin Lora und ihrem jetzigen Freund Alan möglich. Es geschieht das Unglaubliche: Das MCP (Master Control Programm) wehrt sich und entführt Flynn in eine Welt aus Bits und Bytes. Unerwartet trifft Flynn hier alte Feinde aber auch auf neue Freunde.
Mitten in New York taucht plötzlich ein unbekannter Schwarzer auf, der in Wirklichkeit Angehöriger einer Aliensklavenrasse ist. Er ist still, hilfreich, kann aber nicht sprechen, dafür hat er ein natürliches Talent für Reparaturen. In der für ihn fremden Umgebung hat er äußerste Schwierigkeiten, für sich selbst eine Existenz aufzubauen, bis eines Tages sich zwei Kopfgeldjäger auf seine Spur setzen ...
New York im Jahre 2095. Dem ägyptischen Gott Horus droht der Verlust der Unsterblichkeit. Sieben Tage bleiben ihm, sein Schicksal abzuwenden. Nur eine einzige Woche, um im Irrgarten der Metropole die schöne Mutantin Jill zu finden, sie zu verführen und zu schwängern - und auf diese Art sein Fortleben zu sichern. Dazu braucht er einen menschlichen Körper - den er im politischen Gefangenen Alcide Nikopol findet. Der allerdings wurde in Stickstoff konserviert und schwebt in einer Kapsel.
Die Erde wird von Naturkatastrophen gigantischen Ausmaßes erschüttert. Schnell stellt sich heraus, dass die Ursache für diese Katastrophen ein unbekannter Planet ist, der sich im Kollisionskurs mit der Erde befindet. Kurzerhand wird eine Rettunsgmission zusammengestellt, die den Planeten im All sprengen soll, bevor er die Erde erreicht. Doch zum großen Erstaunen aller Beteiligten erweist sich der vermeintliche Planet als übergroße Lebensform...