Οι πειρατές αισθάνονται σαν στο σπίτι τους στο Sandborough, αλλά η ατμόσφαιρα παγώνει αμέσως όταν οι νίντζα έρχονται να ζήσουν στο δρόμο. Άλλωστε, οι πειρατές και οι νίντζα είναι ορκισμένοι εχθροί! Ενώ ο πειρατής καπετάνιος Έκτορ Μπλάντερμπους αγωνίζεται να απαλλαγεί από τους νέους του γείτονες, ο γιος του Μπίλι και η κόρη του νίντζα Γιούκα γίνονται φίλοι. Οι πειρατές προκαλούν τους νίντζα στην απόλυτη μάχη στο ετήσιο εξάθλο του χωριού. Ποιος θα κερδίσει τον αγώνα; Οι νίντζα είναι πιο γρήγοροι και πιο ευέλικτοι φυσικά, αλλά οι πειρατές είναι οι καλύτεροι απατεώνες στις επτά θάλασσες.

Στους «Πειρατές» επιβιβαζόμαστε σε ένα ετοιμόρροπο καράβι με επικεφαλής έναν όχι ακριβώς πετυχημένο Πειρατή Καπετάνιο με πλούσια γενειάδα. Με ένα κουρελιάρικο πλήρωμα στην υπηρεσία του και φαινομενικά ανήξερος για τα ανυπέρβλητα εμπόδια που έχει να αντιμετωπίσει, ο Πειρατής Καπετάνιος έχει ένα όνειρο: να νικήσει τον Μαύρο Μπέλαμι και την Κάτλας Λιζ στην κούρσα για το βραβείο του Πειρατή της Χρονιάς. Είναι μια αναζήτηση που παρασύρει τους ήρωες από τις ακτές της εξωτικής Ματωμένης Νήσου μέχρι τους ομιχλώδεις δρόμους του Βικτωριανού Λονδίνου. Κάπου στη διαδρομή πολεμάνε με μια διαβολική βασίλισσα, ενώ συνεργάζονται με έναν ερωτοχτυπημένο νεαρό επιστήμονα, χωρίς ποτέ να χάσουν το στόχο τους: την περιπέτεια!

Ο δυναμικός καπετάνιος Άλαν Γκάσκελ έχει βάλει πλώρη από το Χονγκ-Κονγκ στην Σιγκαπούρη. Μετά τη συνάντηση του με μια πρωτοκλασάτη Εγγλέζα, προσπαθεί να ξεπεράσει το ποτό. Η πρώην του φίλη, όμως, η πανέμορφη αλλά ατίθαση Ντολ, αισθάνεται ζήλεια και θέλει τον καπετάνιο πίσω. Μετά από μια επίθεση πειρατών, ο καπετάνιος συνειδητοποιεί πως πίσω από αυτούς κρύβεται η Ντολ κι ο φίλος της.

Ο νεαρός Τζιμ Χόκινς, ένα ποντίκι-πειρατής με το όνομα Χίκαπ, ο δρ Λίβσι και ο άρχοντας Τρελόνι ναυλώνουν ένα πλοίο για να βρουν τον θρυλικό θησαυρό του ξακουστού πειρατή καπετάν Φλιντ. Ωστόσο, οι πρώην σύντροφοι του Φλιντ σχεδιάζουν να καταλάβουν το πλοίο.