On olemas kaks reaalsust: see, milles me päevast päeva elame, ja teine, mis asub selle taga. Neo otsib tõde Matrixi kohta, millest ta on kuulnud vaid arglikke sosinaid ja kuulujutte. See on midagi salapärast ja ohtlikku ning Neo on kindel, et see kontrollib kõigi inimeste elusid. Ta usub, et Morpheus, keda peetakse kõige ohtlikumaks meheks maailmas, on just see, kes suudaks anda vastuse küsimusele: mis on Matrix?

Pärast mõne pulmapäeval teda tappa üritanud jõugu liikme elimineerimist jätkab "Mamba Negra" kättemaksu ja üritab ülejäänud jõugu lõpuni viia, eriti kunagise ülemuse Billiga, kes ta surnuks jätis, jättes ta maha. koomas.

Alates ajast, mil ta vanemad mõrvati, on miljonär Bruce Wayne rännanud mööda maailma, püüdes jõuda selgusele, kuidas võidelda kurjusega ning pöörata hirm nende vastu, kes teisi on kogu aeg hirmu all hoidnud. Viimaks pöördub ta tagasi kodulinna, Gotham Citysse ja öösiti hakkab selle tänavail tegutsema Batman, maskis võitleja, kes kasutab oma jõudu, mõistust ja iseäralikke tööriistu, et võidelda linna ähvardavate tumedate jõududega.

Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.

Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.