בדרכה למשימה שגרתית נענית ספינת חלל לאות מצוקה מכוכב נטוש. עם הנחיתה חודר לספינה יצור קטלני שמנסה לחסל את שבעת אנשי הצוות.
שליח דמוי אדם מעולם אחר מגיע לוושינגטון הבירה ובפיו אזהרה למין האנושי - שיחדל ממעשי התוקפנות. אך כאשר השליח נורה למוות מידי חייל עצבני, שותפו הרובוט של השליח, גורט, מתחיל להרוס את הבירה.
השני בסדרת סרטי מסע בין כוכבים, והראשון בטרילוגיה שסופה ב"מסע בין כוכבים 4: השיבה הביתה". הפדרציה, יחד עם קבוצת מדענים, משתפת פעולה בפרויקט שנקרא "בראשית". זו תכנית להחזיר כוכב לכת מת לחיים. עד כה הניסויים הראשוניים הצליחו, וכעת לצורך השלב הבא, שהוא למעשה החזרת כוכב לחיים, נדרש כוכב לכת מת. הפדרציה שולחת את ספינת החלל רילאנט למצוא מועמד כזה. הקצין הראשון בספינה הוא חבר צוות האנטרפרייז לשעבר, פאבל צ'כוב. הם מאתרים מה שנראה ככוכב לכת מת במערכת סטי אלפא, אבל החיישנים מזהים סימן חיים קטן שמצביע על כך שכוכב לכת זה אינו באמת מת. קפטן הספינה חושב שאולי ניתן לפנות אותו משם, והוא וצ'כוב יורדים לחקור את מקור החיים. הם מוצאים את מה שנראה כתא חיים, אך נתפסים על ידי תושבי הכוכב. כשהם נלקחים למנהיג, צ'כוב מזהה אותו כחאן ,ביו-אדם מהונדס מסוף המאה ה -20, אותו מצא קירק לפני 15 שנה, שניסה להשתלט על האנטרפרייז ולהרוג את קירק. למרות שחשב שסיים את הקריירה שלו על האנטרפרייז, מוצא עצמו קירק בעיצומה של הרפתקה מסוכנת חדשה.
לאחר קרב עם כוחות הפדרציה, חוזרים ה-"בורגים" חזרה אחורה בזמן במטרה להשתלט על כדור הארץ. ה-"בורג" הם צורת חיים המתבוללת עם אויביה והופכת אותם גם ל-"בורג". צוות ה-"אנטרפרייז" יוצא אחריהם על מנת להילחם ב-"בורג" ולהציל את האנושות. זהו הסרט השמיני בסדרת "מסע בין כוכבים" עם צוות הדור החדש המוכר.
עיבוד חופשי למחזה "הסערה" של וויליאם שייקספיר. פרופסור מורביוס ובתו חיים על כוכב נידח בקצה הגלקסיה כשחייו מוקדשים לפענוח סודותיו של גזע נכחד. האידיליה נקטעת כאשר על הכוכב נוחת קומנדר אדאמס וכובש את לבה של הנערה. מורביוס מאבד עשתונות ומפעיל את טכנולוגיית החייזרים נגד הפולשים. הסרט היווה פריצת דרך בז'אנר - הסיפור הרציני והדגש שהושם על הביצוע הטכני הופכים אותו לאחד מסרטי המד"ב החשובים של כל הזמנים.
במאה ה-23 כוח חייזרי מאדה את האוקיינוסים. על מנת להציל את האנושות, קירק וצוותו חייבים לחזור בזמן לשנת 1986 שם הם מגלים עולם של ריקבון שבו פיצה ואוטובוסים מיוחדים זרים להם ואינם דומים למשהו שנתקלו בו בעבר.
עברו 18 שנה מאז בוטלה הסדרה 'מסע גלקטי' בכיכובם של השחקנים ג'ייסון נסמית', גוון דמרקו, אלכסנדר דיין, טומי וובר ופרד קוואן. כעת הם מבלים את זמנם בכנסי מדע-בדיוני וטקסי פתיחות חנויות, תחת תחפושות דמויותיהם לשעבר. הייאוש שובר אותם, עד שחייזרים בשם ת'רמיאנים מגיעים לכדור הארץ. אלו הבינו בטעות כי סדרת המד"ב מסע גלקטי היא כולה אמת לאמיתה, ועל כן לוקחים את צוות המסע בכדי שיציל אותם מידיו הרצחניות של גנרל סאריס והארמדה שלו, במלחמה פאן-גלקטית.
סרטם האחרון המשותף של וויליאם שאטנר (קפטן קירק) ולאונרד נימוי (ספוק מחודד האוזניים) בסדרת הקאלט שמתארת את קורותיה של ספינת החלל אנטרפרייז. הפעם יוצא הצוות להציל את הסכם השלום בין הקלינגונים לפדרציה.
ניצחונו של אדמירל קירק על קאן ויצירתו של הכוכב ג'נסיס הם ניצחונות ריקים מתוכן. ספוק נהרג ומקוי מאבד את שפיותו ללא הסבר או סיבה. אולם אז ביקור מפתיע של סארק, אביו של ספוק, מספק גילוי מדהים.
הסרט הראשון של צוות הדור הבא של האנטרפרייז. קפטן ג'יימס טי קירק משתתף בהשקת ספינת החלל "אנטרפרייז" החדשה, שבפיקודו של קפטן ג'ון הארימן. אולם, הספינה נשלחת למבצע הצלת פליטים אלוריאנים שנלכדים באמצעו של "סרט אנרגיה" מסתורי. בין הניצולים נמצאים ד"ר סוראן וגיינן. במהלך מבצע ההצלה, נודע כי קפטן קירק נחשב כמת. לאחר 75 שנים, ספינת החלל "אנטרפרייז", בפיקודו של קפטן ז'אן-לוק פיקארד, עונה לשדר מצוקה מתחנת תצפית סולארית. הצוות מגלה כי התחנה הותקפה, כנראה בידי הרומולאנים. אחד השורדים, ד"ר סוראן, מבקש לחזור לתחנה בטוענה של ניסוי חשוב שהוא עורך. לאחר חזרתו לתחנת המחקר, סוראן משגר טיל טריליתיום לעבר הכוכב, בכך גורם לנובה. הוא לוקח את ג'ורדי לאפורג' כבן ערובה ונמלט יחד איתו ב-"ציפור טרף" קלינגונית של האחיות דוראס.
צוות ספינת החלל "אנטרפרייז" מקבל שדר במהלך משימה דיפלומטית, לפיו לוטננט קומנדר דאטה איבד את עשתונותיו במהלך משימת תצפית בעולם הבית של גזע הבאקו, גזע שוחר שלום. הפדרציה, תחת פיקודו של אדמירל דוהרטי בשיתוף עם גזע הסונ'א, בראשות המנהיג רואפו, מנהלים מחקר על אורח חייהם של הבאקו בחשאי, כאשר דאטה הצטרף למחקר. לאחר שה-"אנטרפרייז" משגרת אליה את דאטה, דוהרטי רוצה שפיקארד וצוותו ימשיכו בדרכם. אולם, צוות ה-"אנטרפרייז" רוצה לגלות מה גרם לדאטה לאבד את עשתונותיו ולירות על כוחות הפדרציה והסונ'א. צוות נחיתה משתגר אל פני הכוכב, והם מגלים ספינת פדרציה מוסווית שבתוכה חדר הולוגרמות עם תעתיק מדויק של כפר הבאקו, מתוך כוונה להעביר את הבאקו ללא ידיעתם וללא רצונם מהכוכב. במהלך חקירתם, הצוות נתקל בהשפעות הכוכב החיוביות - פיקארד מרגיש צעיר יותר, רייקר ודיאנה מתקרבים חזרה זה לזו, ומערכת העצבים האופטית של ג'ורדי מתחדשת, מה שגורם לו לראות בלי עזרת מכשיר הראיה. פיקארד אפילו מתחבר לאישה מגזע הבאקו בשם אניז', שטוענת כי היא מבוגרת בהרבה יותר ממה שהיא נראית.
הסרט שנחשב בעיני חוקרי קולנוע רבים לסרט הראשון בעל המסר האקולוגי המובהק. ברוס דרן (כל הסוסים היפים) הוא האסטרונאוט פרימן לוואל, שמנהל מעין גן בוטני בתחנת החלל Valley Forge. הרעיון הוא לשמר את כל הזנים הקיימים על כדור הארץ על מנת שלא ייכחדו. כשהוא מקבל הוראה לחסל את הפרויקט, הוא מחליט למרוד, להרוג את אנשי הצוות המתנגדים לו ולברוח יחד עם הגן ועם שלושת הרובוטים לואי, היואי ודיואי, לעומקה של הגלקסיה. סרטו של דגלאס טראמבל, יחד עם "אמריקן גרפיטי" ו-The Hired Hand, הוא אחד מהסרטים שהאולפנים ניסו לייצר בתקציב דל, לאחר הצלחת "אדם בעקבות גורלו".
שלושה קופי אדם אינטליגנטים מהעתיד יוצרים בהלה בקרב בני האדם של המאה ה-20.
הפרק העשירי והאחרון בסדרת סרטי הקולנוע של "מסע בין הכוכבים". בדרכם לירח הדבש של רייקר וטרוי, האנטפרייז נשלחת לאיזור ניטראלי בשטח של הכוכב רומולוס כדי לקבל לידיהם העתק חדש של הרובוט-אנדרואיד דאטה. כאשר הם מגיעים לכוכב הם מקבל הודעה משינזון, העתק חצי-אדם של קפטן פיקארד אשר מבקש לעשות שלום עם הפדרציה, אך אז מגלה לפתע צוות האנטרפרייז שהיתה פריצה למערכת המיחשוב של החללית דבר אשר מעורר את חשדם לגביי כוונותיו האמיתיות של שינזון.
לאחר שסינדל ומיייס מופרדים מהוריהם, יווקס האמיץ מסייע באיחודם מחדש.
ספינת החלל אנטרפרייז החדשה הושקה זה עתה, אך שיוט המבחן שלה אינה תקין, וקפטן קירק והצוות הכניסו אותה לתוך למבדוק החלל לתיקונים. אבל, משימה דחופה קוטעת את החופשה בכדור הארץ. הספינה יוצאת לחלץ שלושה קונסולים בכוכב נימבוס 3 שנלקחו כבני הערובה. עם הגעתם מתברר כו החוטף הוא בוגד וולקני בשם סייבוק, אחיו למחצה האבוד של ספוק. משימת הספינה מושכת במקביל גם את תשומת ליבו של מפקד קלינגוני בשם קלאא שרוצה לבנות את תהילתו ע"י הריגת קירק, בניגוד לעמדת הממשלה הקלינגונית. צבא האספסוף של סייבוק לוכד אנטרפרייז ולוקח אותה למסע למרכז הגלקסיה בחיפוש אחר האלוהים.
אחרי הניצחון הזמני על דוקטור דום, ארבעת המופלאים דוקא די מרוצים מהחיים - עד שמגיע לכדור הארץ הגולש הכסוף, שליח מסתורי שזורע הרס ושואף להרוס את כדור הארץ. עכשיו צריכים ארבעת המופלאים לא רק להתעמת עם הגולש הכסוף אלא גם לפתור את החידה שמאחריו וגם להתמודד עם חזרתו מהמתים של אויבם, דוקטור דום.