Im Jahre 2029 ist es normal, sich einzelne Körperteile durch künstliche Komponenten ersetzen zu lassen. Diese Bestandteile befähigen die Menschheit, nahezu alle Grenzen des Fleisches und des Geistes zu überwinden. Einige Menschen besitzen gar nur noch eine Biokapsel als Körper, genannt „Shell“, und lediglich ein Rest an ursprünglichen Gehirnzellen definieren den „Ghost“, der Identität und Persönlichkeit eines Individuums erhält. Dies macht die Bedrohung durch einen Computer-Hacker namens „Puppenspieler“ umso akuter, da er in der Lage ist, die Firewalls der „Ghosts“ zu überwinden und sie nach seinen Vorstellungen zu verändern. Majorin Motoko Kusanagi vom japanischen Geheimdienst Sektion 9 ist ebenfalls betroffen und macht sich auf die Jagd nach dem Cyber-Verbrecher.
Ein CIA-Agent wird rekrutiert, um einen besonderen Auftrag auszuführen. Er soll den Dritten Weltkrieg verhindern. Es muss eine Person gestoppt werden, die die Fähigkeit besitzt, die Zeit zu manipulieren. Von einer Wissenschaftlerin erfährt er, dass es Menschen in der Zukunft gelingen wird, die Entropie von Objekten umzukehren, sodass diese Objekte temporal invertieren. So werden Kugeln mit Schusswaffen nicht abgeschossen, sondern aufgefangen. Immer mehr solcher Objekte werden gefunden.
Das hübsche Androiden-Mädchen Tima - erschaffen von dem verrückten Wissenschaftler Dr. Laughton - soll Red Duke, dem skrupellosesten, machtversessenen Mann von Metropolis, die Weltherrschaft und den Griff nach den Sternen ermöglichen. Der Detektiv Shunsaku-Ban und sein Neffe Ken-Ichi ahnen, dass die Erfüllung der Pläne den Untergang der Menschheit nach sich ziehen wird. Sie beginnen einen einsamen Kampf, gejagt von Rock, dem hasserfüllten Ziehsohn des Red Duke. Doch die Apokalypse ist kaum aufzuhalten...
Der Veteran Jack Starks leidet unter Amnesie und kehrt eines Tages nach Vermont, seiner Heimatstadt, zurück. Kaum dort angekommen, landet er in der Irrenanstalt, da er des Mordes angeklagt wird. Der zuständige Doktor verabreicht ihm jeden Abend Drogen, steckt ihn in eine Zwangsjacke und sperrt ihn in eine Leichenhalle. Durch diesen Prozess kann Starks in die Zukunft reisen und erfährt, dass er in naher Zukunft sterben wird. Da er nicht weiß, wer ihn wie tötet, muss er schnell herausfinden, wie er sein Schicksal ändern kann. In der Zukunft lernt er Jackie kennen, die ihm bei seiner Suche zur Seite steht. Während der Suche kommen sie sich selbst und der Wahrheit immer näher...
Nachdem Ellen Ripley, die kleine Newt, Soldat Hicks und der Android Bishop von LV 426 entkommen sind und sich mit dem Raumschiff USS Sulaco auf dem Rückweg zur Erde befinden, bricht wegen des säurehaltigen Blutes eines Facehuggers ("Gesichtsumklammerer") auf einem Zwischendeck ein Feuer aus. Eine Rettungskapsel wird abgesprengt und macht auf dem Planeten Fiorina "Fury" 161, auf dem sich nur eine Strafkolonie befindet, eine Bruchlandung. Corporal Hicks und Newt sterben bei dem Aufprall bzw. durch Ertrinken, der Android Bishop ist nicht mehr funktionsfähig. Neben Ripley überlebt die Landung nur ein Facehugger, der sich in einem Rottweiler schnell einen neuen Wirt sucht. Das kurz darauf neugeborene Alien beginnt bald die Strafgefangenen zu dezimieren.
Wir schreiben das Jahr 2054; die Menschheit hat inzwischen den Roten Planeten besiedelt. Etwa 250 Jahre später, dankt man es ihr schlecht, indem die ehemaligen Kolonisten die Erde ins Visier nehmen und deren Bewohner zu vernichten drohen. Es gibt wohl nur eine einzige Hoffnung: Die Besatzung des (T)Raumschiffs "Surprise". Angeführt von Mr. Spuck, Captain Kork und Schrotty. Die Rettung der Welt liegt allein in ihren Händen...
200 Jahre nach ihrem Tod wird Ellen Ripley von skrupellosen Militär-Wissenschaftlern an Bord des terranischen Raumkreuzers U.S.M. Auriga wieder zum Leben erweckt: In einer Testreihe werden die Gene ihrer Überreste so oft geklont, bis es gelingt, sie und die Alien-Königin in ihrem Körper lebensfähig zu halten. Wider Erwarten überlebt sie den Eingriff, bei dem die Königin operativ aus dem Körper entfernt wird. Die Wissenschaftler wollen die xenomorphen Aliens für den militärischen Einsatz weiterzüchten. Zu diesem Zweck benötigen sie Wirtskörper, die ihnen von Weltraumpiraten in Form von entführten Kolonisten geliefert werden. Bald schon schlüpfen die ersten Aliens, die in vermeintlich ausbruchsicheren Käfigen untergebracht werden.
Der brillante Gehirnchirurg, Rockstar, Comicheld und Samurai Banzai schreibt Wissenschaftsgeschichte: Indem er seinen Oszillations-Overthruster auf Warp-Geschwindigkeit hochfrisiert, gelingt es ihm, als erster Mensch in die 8. Dimension zu reisen und heil zurückzukehren! Doch sein alter Feind, der irre Dr. Lizardo, plant den Overthruster zu stehlen und mit einer Armee schurkischer Aliens die Erde zu zerstören. Klare Sache, dass Banzai dem verrückten Wissenschaftler die Stirn bietet. Gelingt es ihm, die Vernichtung der Erde noch zu verhindern, oder stößt das Genie jetzt an seine Grenzen... ?
Zwei Jahre nach einer Katastrophe im Freizeitpark „Delos“, bei der Gäste und Mitarbeiter durch außer Kontrolle geratene Androiden getötet wurden, ist die Einrichtung wieder eröffnet. Man hat sehr viel Geld investiert, um die Ursache der Katastrophe zu ermitteln und alle Androiden und technischen Einrichtungen zu erneuern, um künftig solche Katastrophen auszuschließen.
Eine Gruppe von Archäologen wird in der Vergangenheit festgehalten, als sie dorthin reisen, um ihren Professor zurückzuholen. Ohne Waffen sind sie im finsteren Mittelalter diversen Gefahren ausgesetzt und haben nur einige Stunden Zeit um den Professor zu finden, ansonsten würden sie ewig in der Vergangenheit festsitzen.