Amikor a teljes napfogyatkozás után sötét erő borítja be a Földet, a szétszóródott harcosoknak újra egyesülniük kell, hogy visszahozzák a fényt a világba.

Amikor egy titokzatos idegen érkezik a jövőből egy szörnyű figyelmeztetéssel, Leo kénytelen kézbe venni a dolgokat, és testvéreit vezetni a harcba. Raph, Donnie és Mikey oldalán küzd, hogy megmentsék a világot egy félelmetes idegen fajtól.

Ez nem csak egy újabb küldetés. Az Impossible Mission Force-ot leállítják, amikor felmerül a gyanú, hogy közük van egy globális terrorista összeesküvéshez. Beindul a Fantom Protokoll, és Ethan Huntnak és új csapatának be kell épülnie, hogy tisztára mossák a szervezet nevét. Nincs segítség, nincsenek összekötők, fű alatt kell akcióba lépniük. Ennél durvább és ennél intenzívebb küldetést még senki sem látott.

John Sheridan több idősíkon és alternatív valóságon keresztül utazik, hogy hazataláljon.

Ash, és barátai a Johto vidék egy újabb részének, a felfedezésére készülnek, ám lekésik a buszt, így az ott élő Pokémon kutató lányhoz, Lunához fordulnak segítségért. Mewtwo és a többi klón Pokémon egy eldugott fennsíkon élnek magányosan és számkivetten, de békében, távol az emberektől. Giovanni, Mewtwo alkotója, és legnagyobb ellensége, az egyetlen ember akinek memóriájából nem törlődött ki Mew és a klón Mewtwo csatájának emléke, nem nyugszik, amíg vissza nem szerzi szuperklónját. Emberei és a Rakéta Csapat tagjai felfedik a klónok rejtekhelyét…

A város, Bogárfalva romlott helyként ismert. Burjánzik a bűnözés, az emberek félnek elhagyni az otthonaikat és a Polgármester képtelen ez ellen bármit is tenni. Visszagondolva a boldogabb és egyszerűbb időkre, Bogárfalva derék lakosa, Plutónium professzor úgy dönt, megteremti a kicsi lányt, akit illően felnevelve a jóra taníthat. A kísérlet mindaddig a tervek szerint ment, amíg laboratóriumi asszisztense, Jojo, a majom véletlenül bele nem öntött a keverékbe egy kis erőt adó X vegyszert. A professzort kis híján sokkot kapott, amikor a füst kitisztult és meglátta, hogy nem egy, nem is kettő, hanem három tökéletes kislányt teremtett.