Kusakabe úr és lányai, Satsuki és Mei vidékre költözik, egy csodálatos tájra, de nem csak a környék, hanem annak lakói is különlegesek; furcsa teremtmények, házi és erdei szellemek. Közülük a leghatalmasabb Totoro, egy barátságos szőrmók, akivel hamar összebarátkoznak hőseink.

A kihalt Tokiót buborékok és gravitációs rendellenességek uralják. Itt találkozik egy különös képességekkel rendelkező fiú és egy titokzatos lány.

Egy rejtélyes edző meghívását elfogadva Ash, Misty és Brock megismeri Mewtwo-t, egy mesterségesen létrehozott Pokémont, aki harcra éhezik.