Eloonjääneet, apinainflunssalle immuunit ihmiset, yrittävät parhaansa mukaan selviytyä maailmanlopusta. Caesar on kasvanut jo ihmisen lailla puhuvaksi apinoiden johtajaksi, joka elää laumansa kanssa metsikön ja luolan suojissa. Apinat haluaisivat olla rauhassa, mutta uhanalaiseksi itsensä kokeville ihmisille tämä ei tule kuuloonkaan. Ihmisarmeijan tuhoisa hyökkäys apinoiden reviirille saa Caesarin huomaamaan, että ihmisen kaltaisen kehityksen mukana tulevat myös ihmisille ominaiset tunteet, kuten kostonhimo. Caesar painii pimeimpien vaistojensa kanssa - mitä mieltä on muuttua entistä ihmismäisemmäksi, kun juuri ihmisille erityiset ominaisuudet tuntuvat vain johtavan kaikkeen pahaan? Caesar lakkaa elättelemästä toiveitaan rauhasta ja suuntaa kostoretkelle, etsimään käsiinsä ihmisarmeijan päällikköä. Kun Caesar ja eversti vihdoin kohtaavat kasvokkain, on heillä edessään eeppinen taistelu, joka määrittää molempien lajien kohtalon sekä koko planeetan tulevaisuuden.
On 10. elokuuta 1944 ja Toscanassa sijaitsevan San Miniaton asukkaat pakenevat kodeistaan välttääkseen natsien kostotoimet ja päästäkseen lähestyvän amerikkalaisen armeijan suojiin.
Lontoossa asuva muslimi Omar on kyllästynyt länsimaiseen elämänmenoon ja haluaa olla osana pyhää sotaa kaikkea turmellusta vastaan. Yhdessä ystäviensä kanssa hän muodostaa neljän leijonan terrorisolun toteuttaakseen suunnitelmansa. Ryhmällä on kuitenkin paljon enemmän intoa kuin taitoa. Itsemurharyhmäksi poppoon organisoituminen on harvinaisen epäjärjestäytynyttä. Sääntöjä keksitään sitä mukaa kun toimitaan, yksimielisyyteen ei päästä siitä, miten isku pitäisi toteuttaa. Siispä Omar ja Waj kutsuvat itsensä Pakistaniin koulutusleirille, josta ryhmälle haetaan tarkempaa fokusta toimintaan. Pettymyksekseen he saavat leiriltä äkkilähdön takaisin kotiin tuhottuaan vahingossa omien leirin yrittäessään pudottaa singolla amerikkalaisten tiedustelukoneen. Niinpä jäljelle jää suunnitella isku ja sen kohde itse, sekä valmistautua uhraamaan oma henkensä asian puolesta.
Kuusi vuotta sitten Nasa havaitsi mahdollisen maan ulkopuolisen elämän olemassaolon aurinkokuntamme sisältä. Luotain lähetettiin keräämään näytteitä, mutta se tuhoutui Keski-Amerikan yläpuolella kun se oli palaamassa takaisin. Pian tämän jälkeen alueella havaittiin uusi ja kasvava elämänmuoto. Tuhojen välttämiseksi puolet Meksikosta eristettiin ja julistettiin saastuneeksi. Tänään amerikkalaiset ja meksikolaiset sotajoukot yrittävät edelleen hallita näitä massiivisia eliöitä. Tarinamme alkaa kun toimittaja lupautuu saattamaan pelästyneen turistin saastuneen alueen läpi Meksikon puolelta kohti USA:n rajaa.
1917. Elämä kulkee entisiä ratojaan Veikkalan vauraalla maatilalla, vaikka kansan tyytymättömyys kasvaa ja myllerrysten kumu kantautuu maailmalta. Hetken oikusta isäntä päättää antaa pojallee erikoisen syntymäpäivälahjan, aasin. Lahjan uutuudenviehätys karisee nopeasti, ja hyödytön eläin uskotaan Aapon, tilan yksinkertaisen rengin hoitoon. 1918. Levottomuus purkautuu kapinaksi, joka pian laajenee veriseksi sisällissodaksi. Punaiset marssivat Veikkalaan. Aapo tarttuu tilaisuuteensa ja kostaa kaikki nöyryytykset julmalla tavalla.