Ένας χάκερ ανακαλύπτει ότι ο κόσμος γύρω του αποτελεί μια προσομοίωση της πραγματικότητας. Η ανθρωπότητα, εν αγνοία της, συντελεί στον ίδιο της τον αφανισμό, εκτός αν βρεθεί κάποιος να την αφυπνίσει.
Την περίοδο της παρακμής της δυναστείας των Τανγκ στην Κίνα του 9ου αιώνα, δυο αξιωματούχοι του αυτοκράτορα, επιφορτισμένη με την αποστολή να εξαρθρώσουν την επαναστατική οργάνωση Ο Οίκος των Ιπτάμενων Στιλέτων, ερωτεύονται μια τυφλή χορεύτρια, μέλος της οργάνωσης, παρότι τη χρησιμοποιούν ως δόλωμα για να ανακαλύψουν το κρησφύγετο του αρχηγού της.
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
1988, η Νέα Υόρκη έχει μετατραπεί σε μια τεράστια φυλακή, όπου οι εγκληματίες αφήνονται να επιβιώσουν με όποιο τρόπο μπορούν. 1997, ο πρόεδρος των ΗΠΑ, μετά από μια αεροπειρατεία στο προεδρικό αεροσκάφος, καταλήγει αιχμάλωτος στην Νέα Υόρκη. Σε έναν νεοεισαχθέντα κατάδικο, προσφέρεται αμνηστία με την προϋπόθεση να τον σώσει εντός 24ώρου.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Η πράκτορας Άλις, που έχει αποκτήσει υπερφυσικές δυνάμεις ύστερα από βιογενετικά πειράματα που της υποβλήθηκαν, έχει ελάχιστες ώρες μέχρι το ξημέρωμα για να σώσει τους λίγους επιζήσαντες από τον θανατηφόρο ιό που μετατρέπει τους πολίτες της Racoon City σε αιμοδιψή ζόμπι.
Ο σκληρός λοχαγός Ιβαν Ντάνκο, ο άνθρωπος με τη σιδερένια θέληση είναι ο πράκτορας της Αστυνομικής Δύναμης της Μόσχας ο οποίος πρέπει να συνεργαστεί με τον τρελό Αστυνομικό του Σικάγο, Αρτ Ρίντζικ. Τα συναισθήματα αντιπάθειας είναι εμφανή και αμοιβαία, το καθήκον όμως τους αναγκάζει να συνεργαστούν. Έτσι όταν ένας από τους πιο, επικίνδυνους εμπόρους ναρκωτικών της Ρωσίας ο Ρασταβίλι, δραπετεύει από τη χώρα του και καταφεύγει στο Σικάγο, οι δύο άντρες καλούνται να ξεπεράσουν τις προσωπικές τους διαφορές για να τον συλλάβουν και ένα άγριο σφυροκόπημα δράσης αρχίζει...
Οι δρόμοι των δίδυμων αδελφών Τσαντ και Άλεξ χωρίζουν από τη στιγμή που, μωρά ακόμη, οι γονείς τους έπεσαν νεκροί από τις σφαίρες των καρτέλ του Χονγκ Κονγκ. Τώρα πια ο Τσαντ ζει στην Καλιφόρνια και διδάσκει ανατολικές πολεμικές τέχνες ενώ ο Άλεξ είναι… λαθρέμπορος πούρων στο Χονγκ Κονγκ. Ο Φρανκ Έιβερι, πρώην σωματοφύλακας του πατέρα τους, είναι αυτός που επανενώνει τα δύο αδέλφια αποφασισμένα πια να εκδικηθούν για τους θανάτους των γονιών τους. Παρόλα αυτά τα πράγματα δεν είναι τόσο εύκολα. Ένας επαγγελματίας δολοφόνος με το όνομα Μουν βρίσκεται ήδη στο κατόπι τους…
Ο Μέισον Στορμ, ένας 'τα καταφέρνω μόνος μου καλύτερα' μπάτσος, δέχεται επίθεση στο σπίτι του. Οι δράστες σκοτώνουν τη γυναίκα του και νομίζουν πως σκότωσαν επίσης τον ίδιο μαζί με το γιό του. Όμως ο Μέισον μεταφέρεται κρυφά στο νοσοκομείο όπου περνάει αρκετά χρόνια σε κώμα. Ο γιός του, στο μεταξύ, μεγαλώνει πιστεύοντας πως ο πατέρας του είναι νεκρός. Όταν ο Μέισον ξυπνάει, όλοι βρίσκονται ξανά σε κίνδυνο - ο ίδιος, ο γιός του, ο καλύτερός του φίλος, η νοσοκόμα του, αλλά περισσότερο από όλους εκείνοι που κανόνισαν το θάνατό του.
Ο Τζακ Κόουλ, ένας έμπειρος και σκληροτράχηλος αστυνομικός από τη Νέα Υόρκη, καλείται να συλλάβει έναν κατά συρροή δολοφόνο που σταυρώνει τα θύματα του και σκορπά τον τρόμο στο Λος Άντζελες. Δίπλα του είναι ο ντόπιος αστυνομικός Τζιμ Κάμπελ. Όταν ο δολοφόνος σκοτώνει ένα στενό πρόσωπο από το παρελθόν του Τζακ, η υπόθεση γίνεται προσωπική.
Ο Φόρεστ Ταφτ και ο Χιου Πάλμερ εργάζονται για λογαριασμό μιας εταιρίας διύλισης πετρελαίου στην Αλάσκα, διευθυντής της οποίας είναι ο φιλόδοξος Μάικλ Τζένινγκς. Η εύρεση μιας δισκέτας από τον Χιου, που ενοχοποιεί τον Τζένινγκς για παράλειψη των μέτρων ασφάλειας με αποτέλεσμα τη μόλυνση του περιβάλλοντος, έχει ως τραγικό αποτέλεσμα τη δολοφονία του πρώτου από ανθρώπους του Τζένινγκς. Όταν ο Ταφτ αποφασίζει να ερευνήσει την υπόθεση της δολοφονίας του φίλου του, μπαίνει κι αυτός στο στόχαστρο του Τζένινγκς όμως η απόπειρα δολοφονίας εναντίον του αποτυγχάνει και ο Ταφτ ορκίζεται εκδίκηση...
Μια παρέα φοιτητών που κατά την εκδρομή τους στην ύπαιθρο στο πλαίσιομια φωτογράφισης πέφτουν θύματα μεταλλαγμένων και παραμορφωμένωνμανιακών που διψούν για αίμα. Ένας όμως από την παρέα που δεναιχμαλωτίζεται από τους μανιακούς σχεδιάζει να εκδικηθεί και να σώσειτην κοπέλα του από τα νύχια των μεταλλαγμένων.