On olemas kaks reaalsust: see, milles me päevast päeva elame, ja teine, mis asub selle taga. Neo otsib tõde Matrixi kohta, millest ta on kuulnud vaid arglikke sosinaid ja kuulujutte. See on midagi salapärast ja ohtlikku ning Neo on kindel, et see kontrollib kõigi inimeste elusid. Ta usub, et Morpheus, keda peetakse kõige ohtlikumaks meheks maailmas, on just see, kes suudaks anda vastuse küsimusele: mis on Matrix?

Politseinik liitub salajase organisatsiooniga, mis jälgib ja kontrollib maaväliste suhtlustegevusi Maal.

Planeet Maa kaitsesüsteemid tõrguvad, tabades kõiksugu häired üle terve atmosfääri. Üsna pea ilmuvad radaritele maavälised objektid, mida algul peetakse meteoorideks. Hiljem selgub, et tegu on kosmoselaevadega, mis on tulnud suuremate linnade kohale hävitust külvama. 4. juulil, iseseisvuspäeval koguneb rahvas ohus oleva Maa eksistentsi eest võitlema...

Detektiiv Brian O’Conner (Paul Walker) on politseist varem toimunu eest vallandatud ja teenib nüüd elatist illegaalsete võidusõitudega. Kuid lõpuks jääb ta vahele. Talle antakse valiku võimalus: kas minna vangi või töötada Miamis salaagendina, et sealne narkoärikas Carter Verone’i (Cole Hauser) koos asitõenditega vahele võtta. Talle on abiks juba siseringi imbunud agent Monica Clemente (Eva Mendes) ja tema just vanglast vabanenud sõber Roman Pearce (Tyrese Gibson).

Pärast Agent K (Tommy Lee Jones) pensionile jäämist ei pea agent J (Will Smith) tema tööd samaks: Mõlemad olid osa salaorganismist, mis võitleb tulnukate vastu, kes asustavad ilma ülejäänud surelikud seda teadmata maa. Mustanahaliste meeste missioon, nagu nad on tuntud oma riietuse järgi, on mõnikord korra kehtestamine ja muul ajal võitlus otse nende vastu, kellel on pretensioone planeedi Maa kahjustamiseks. Kuid agent K otsustas oma naise juurde naasmiseks ja normaalse elu elamiseks mälu kaotada. Nüüd pole naist, kuid ta on lahkelt postiagent. Agent J, kes peab K-d oma õpetajaks, igatseb teda väga ega ole päris leplik oma uute kaaslastega. Kuid midagi muudab sündmusi: ohtlik välismaalane nimega Serleena (Lara Flynn Boyle)