در فیلم «نابودگر ۲: روز رستاخیز» باری دیگر یک شکارچی از زمان آینده، برای شکار جان کارنر به زمان فعل می آید. از زمان هولوکاست اتمی سال ۱۹۹۷ توسط ماشین ها و علیه انسان ها، تنها یک مرد باقی مانده که می تواند در وضعیت بحرانی انسان ها تغییری به وجود آورد و او کسی نیست جز جان کارنر که در این فیلم یک نوجوان بیشتر نیست اما قرار است در آینده و پس از فاجعه مذکور، رهبری انسان های باقی مانده در برابر ماشین ها را عهده دار باشد.
شهری در دنیای آینده ای تاریک و آشفته. قصابی (دریفوس) با کشتن شاگردانش و فروش گوشت آنان به مشتریان تأمین معاش می کند. «لوییزون» (پینون)، دلقک بی کار که تازه استخدام شده، قرار است قربانی جدید او باشد. اما «ژولی» (دونیاک)، دختر قصاب به «لوییزون» دل می بندد و او را از خطر آگاه می کند...
دونن نوت بیشتر زندگی‌اش را به عنوان سرباز در میدان‌های جنگ گذرانده. پس از پایان جنگ جهانی او به شهر الیمپیوس برای داشتن زندگی آرامی می‌رود و می‌فهمد که در تلاشی برای حفاظت از نسل انسان‌ها در جنگ‌های آینده، نسل‌هایی از انسان بیوروید خلق شده‌اند که احساسی ندارند و به همین دلیل نمی‌توانند به دیگران آسیبی برسانند. وی نیز این موضوع را کشف کرد که تعدادی دوست ندارند با آنها زندگی کنند. بسیاری از انسان‌ها با بیوریودها به عنوان گونه‌ی پست برخورد می‌کنند و آنها را تهدیدی برای آینده‌ی خود می‌دانند. نظام کنترل انسان‌ها در جستجوی بیوریودهایی است که فساد ایجاد کرده‌اند. دونن برای برقراری دوباره‌ی صلح در جهان انتخاب شده. در این راه او از معشوقه‌ی قبلی خود، بریاریوس کمک گرفت. به ریا رئوس در جنگ قبلی بدنش را از دست داده بود و کشته شده بود و حالا به یک سایبورگ یعنی یک مغز در یک بدن مصنوعی تبدیل شده بود. و حالا انسان‌ها باید برای بقای نسلشان تلاش کنند…
زوجی که در یک آزمایشگاه به دام افتاده و در یک حلقه‌ی زمان گیر کرده اند ، باید با عده ای مهاجم نقاب دار مقابله کنند تا بتوانند از یک منبع انرژی جدید محافظت کنند. منبعی که ممکن است باعث نجات بشریت شود و…
در سال ۲۰۰۳، دکتر سرینا کوگان از شرکت «سایبرداین سیستمز»، به سلول مارکوس رایت می‌آید و این زندانی محکوم به مرگ (با تزریق) را متقاعد می‌کند تا بدن خود را پس از مرگ برای پژوهش پزشکی به آن شرکت بسپارد. یک سال بعد از این جریان، ربات‌های ساخت انسان که به درجه‌ای از هوشمندی و خودآگاهی رسیده‌اند، نوع بشر را به عنوان تهدیدی برای بقای خود به‌شمار می‌آورند و سامانه‌ای به نام «سامانه اسکای‌نت» را به منظور قلع و قمع انسان‌ها ایجاد می‌کنند. این سامانه موفق می‌شود در جریان رخدادی که «روز داوری» نامیده می‌شود بیشتر افراد بشر را نابود کند.