剧情承接TV动画版第24集，《新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》（日语：新世紀エヴァンゲリオン 劇場版 THE END OF EVANGELION - Air/まごころを、君に）（英语：NEON GENESSI EVANGELION:：END OF EVANGELION - AIR/SINCERELY YOURS）是《新世纪福音战士》系列第二部剧场版，于1997年7月19日在日本上映。包括了重新制作的第25、第26话。在这部剧场版中第25话的名字是“AIR”（天空），而副标题是“LOEV IS DESTRUCTIVE”（爱是一种伤害）；第26话的名字是“YOUR SINCERELY”（真心为你），副标题是“ONE MORE FINAL：I NEED YOU”（再说最后一遍：我需要你）。剧场版的每一话都和电视版一样有一个“EYE - CATCH”镜头（即每集中间那个黑底白字的英文标题）。这部剧场版标志着整个旧世纪《新世纪福音战士》的终结。 影片分成“Air”与“真心为你”两个部分。神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。

全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至近代之时，不死的怪物突然出现。被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭，被它啃咬的人似乎也会在死过一次之后复生，并开始袭击人类。之后被称为卡巴内的这些怪物爆发性地增殖，并覆盖了全世界。 远东岛国日本的人们，为了对抗卡巴内的威胁而在各地建造名为「驿」的城寨，并困守在其中，想方设法残存下去。能够在驿之间来往的只有装甲蒸气机关车（通称骏城），驿之间通过各自生产物的融通，总算是保证了生活。住在以炼铁和蒸气机关的生产为业的显金驿的蒸气锻冶少年，生驹。他为了打倒卡巴内，开发出独自的武器「贯筒」，同时期盼着有朝一日能够发挥出自己的力量。 某天，穿越前线的骏城之一甲铁城来到了显金驿。为了车辆的清扫整备而被召唤的生驹，目击到了从义务性的卡巴内检阅中被免除的不可思议少女。当晚，生驹与自称为无名的那位白天的少女再会，此时骏城突然暴走并突入了显金驿。乘务员全灭，而且全部变成了卡巴内！卡巴内从显金驿中溢出。如同要从被恐慌袭击的人浪中逆行一般，生驹奔跑着。这一次不能逃避，我要，我要用贯筒打倒卡巴内！ —— 于是，为了成为真正能闪耀光辉的男人，生驹的战斗开始了。

公元199X年，人类世界的最高首领因一己私欲发动战争，甚至愚蠢地按下毁灭世界的按钮。世界遭受核武器洗礼，山崩地裂，海水枯竭。部分人类虽侥幸存活，然地球上资源短缺，使得血腥纷争仍在继续。世间传说“有北斗出现的地方，必现乱事”。身上有七处伤疤、北斗密宗神拳继承者健四郎孤独行走在干涸的大地上，寻找心爱的女人尤丽娅。一路上艰难险阻不断，各路强手如云，健四郎在宿命的引领下一次次穿越充斥血雨腥风的生死屠场…… 根据武论尊、原哲夫的同名漫画改编。

一次灾难性事件毁灭了文明，数千年后，人类已经适应，并进化出了新的生存方式。如今，巨大的移动城市在地球上漫步，无情地吞噬着小牵引城镇。汤姆·纳茨沃西（罗伯特·席安饰），来自大牵引城市伦敦的底层，在遭遇了危险逃犯海特·肖（海拉·希尔莫饰）后，不得不开始为生存而奋战。两个截然相反，本不该相遇的人，却意外结盟，他们注定将改变未来。

两个姐姐，80年代初的高中高年级学生，一天早晨醒来，看到血红的天空，意识到人类已经被消灭。当地球最近通过哈雷彗星的尾部时，任何一个没有被钢铁包围的人，都会被还原成一堆红色的灰烬（人类化学组成的微量元素），他们会遇到一个叛逆的美洲土著人，并在当地的一家电台接收电波，试图寻求帮助。不幸的是，它们吸引了一群科学家的注意，他们知道彗星会产生什么样的影响。他们躲在一个钢铁实验室的地下，但愚蠢地把通风口开着。现在，当彗星的幸存者们被钢铁包围的一部分腐烂成肉欲旺盛的僵尸时，科学家们正试图用没有被彗星感染的人的血液制成疫苗。因此，这三人必须奋力前行，不仅要越过成群结队的食人族死者，而且要胜过一群不顾一切不想变成那样的科学家。

　　莉拉16岁的早晨，就跟往常一样，不小心贪睡了一点，但今天稍微有些不一样，没人敲她房门催促她快点起床。等她终于清醒，却遍寻不着她的父母。莉拉出门却发现不但邻居、整个小镇、社区甚至整个城市，都找不到半个活生生的人影，所有的人都消失了。面对宛如世界末日的情景，莉拉陷入了自己是某场灾难唯一幸存者的恐慌，然而，在她跌跌撞撞的同时，她终于和其他4名青少年相遇了…… 　　5名少年少女试着在寂静无声的世界生存，然而，究竟是什么原因带走了其他人？又有什么潜伏在暗处，兴味盎然地观察着他们呢？

　　少女科学家珊曼莎是地球经历末世浩劫后的幸存者之一。她并未随着他人弃守家园，反而留在地球，并致力寻找让人类生存下去的方法。 　　在最后一艘宇宙飞船开往遥远人类太空殖民地之际，她留守的决心因为另一位幸存者麦卡的到来而动摇。她必须决定要与麦卡一起出发到人类避难之所开展新生活，还是继续留下来保卫地球。

现在是21世纪，石油战争把地球搞得一团糟，主要城市以外的地方都是法外之地。亨特（Hunter）紧急帮助了柯莉（Corlie），并带柯莉逃离了邪恶的斯特拉克，他把她带到了和平的克利尔沃特（Clearwater）社区。不幸的是，对于克利尔沃特的市民来说，斯特拉克完全打算让柯莉回来。

　　致命病毒肆虐全球，引发末日危机。疫情爆发一年后，一名幸存的男孩找到台破旧的机器人，两人携手展开了一趟冒险旅途，要寻找神秘的57区。