Er ist wieder da. Urplötzlich taucht Godzilla aus dem Meer auf und geht in der Bucht von Tokio an Land. Mit allenmöglichen waffentechnischen Tricks versucht man Godzilla aufzuhalten, aber er läßt sich nicht bremsen und zerstört immer weiter was auch immer sich ihm in den Weg stellt. Nachdem alle Versuche, ihn zur Strecke zu bringen, fruchtlos verlaufen sind, setzen die Japaner sogar ihre fliegende Superwaffe "Super-X" ein. Aber selbst die kann gegen das Monster nichts ausrichten. Als man feststellt, daß sich Godzilla an der Flugbahn der Vögel orientiert versucht man ihn mit elektrischen Signalen in einen Vulkan zu locken...

Auf einer Insel führt ein Team von Wissenschaftlern ein streng geheimes Klimaexperiment durch. Ein erster Versuch hat dazu geführt, dass die Temperaturen enorm angestiegen sind. Ein unangenehmer Nebeneffekt ist das Riesenwachstum einiger Tiere. So wimmelt die Insel von haushohen Raubinsekten. Gleichzeitig nähert sich das Monster Godzilla. Der radioaktive Saurier erhält Signale aus einem riesigen Ei, in dem sein monströser Sohn steckt. Godzilla muss seinen Sohn fortan gegen die tödlichen Monster der Insel verteidigen und natürlich die Erziehung übernehmen. Für die Menschen inmitten des monströsen Geschehens beginnt ein Überlebenskampf.