Hellboy, l'agent le plus coriace du Bureau de Défense et Recherches Paranormales, est de retour pour une nouvelle mission secrète... Une terrible menace plane sur notre univers depuis que Nuada, Prince de l'Invisible, a brisé le pacte qui liait l'humanité aux Fils de la Terre. Après plusieurs siècles de soumission à l'Homme, l'anarchique Nuada a décidé de réveiller ses armées mortifères et de rendre la liberté à toutes les créatures fantastiques. Hellboy préfèrerait consacrer son temps à sa petite amie pyrokinétique Liz et à leur vaste ménagerie féline. Mais lui seul est de taille à sauver la Terre de la destruction. Héros incompris, écartelé entre deux mondes qui le rejettent, il devra choisir entre la vie qu'il connaît et une destinée mystérieuse et irrésistiblement attirante...
La joyeuse ménagerie de "Madagascar" doit sauver Noël suite à l'amnésie du Père Noël...
L'histoire se déroule en 1899, en Afrique de l'ouest : les officiers français Voulet et Chanoine mènent une mission d'exploration à la tête d'une colonne de troupes coloniales. Outrepassant leurs ordres, ils se livrent à des massacres de populations. La sarraounia (« reine ») du village de Lougou décide de leur résister...
En pleine guerre d'Algérie en 1957, des combattants (fidayounes) avec l’aide d’un médecin, résistent à l’intervention française.