Κατά τη διάρκεια των εορτών, καθώς τα ζώα του Central Park Zoo ετοιμάζονται για τα Χριστούγεννα, ο Private, ο νεότερος των πιγκουΐνων παρατηρεί ότι η πολική αρκούδα είναι μόνη της. Βεβαιωμένος ότι κανείς δεν πρέπει να περνάει τα Χριστούγεννα μόνος του, ο Private πηγαίνει στην πόλη για Χριστουγεννιάτικα δώρα του τελευταίου λεπτού. Στο δρόμο, μπερδεύεται σε ένα κατάστημα! Οι άλλοι πιγκουΐνοι ρισκάρουν να τον ακολουθήσουν αφού παρατήρησαν την απουσία του, και προσπαθούν να τον σώσουν!

Πού τους είχαμε αφήσει λίγα χρόνια πριν; Μα πού αλλού…; Στη Μαδαγασκάρη… απ' όπου προσπαθούν τώρα να φύγουν ώστε να επιστρέψουν στην "πατρίδα" τους, τη Νέα Υόρκη! Το αεροπλάνο είναι έτοιμο προς απογείωση (όσο έτοιμο μπορεί να είναι ένα αεροπλάνο που έχουν επισκευάσει… πιγκουίνοι) και έπειτα από λίγα μίλια πτήσης, προσγειώνεται, με συνοπτικές διαδικασίες, στη μέση του πουθενά… δηλαδή της Αφρικής! Εκεί, καθένας από τους πρωταγωνιστές μας βρίσκει όλο και κάποιο δικό του, αλλά και πάλι…μπορεί η Αφρική να συγκριθεί με το "σπιτικό" τους στη Νέα Υόρκη;

Παρακολουθούμε μια μέρα στη ζωή του Μπιγκ Μπακ Μπάνι, όταν συναντάει τρεις νταήδες τρωκτικά. Το Φρανκ, το Ρίνκι και τον Γκαμέρα. Τα τρωκτικά διασκεδάζουν βασανίζοντας ανεπανάληπτα πλάσματα πετώντας τους φρούτα, καρύδια και πέτρες. Ο Μπάνι στην αρχή δεν κάνει τίποτε, όμως όταν ξεπερνούν τα όρια αφήνει στην άκρη την ευγενική του φύση και σχεδιάζει ένα περίπλοκο σχέδιο για να τους εκδικηθεί.