No futuro, as viagens interplanetárias são corriqueiras e o homem conhece boa parte do universo. Durante uma viagem tripulada por centenas de pessoas rumo ao planeta New Mecca, um acidente ocorre e a nave é obrigada a pousar num planeta desconhecido. De toda a tripulação, apenas seis pessoas sobrevivem à queda, que descobrem estar num planeta povoado por milhares de criaturas carnívoras, que hibernam nas cavernas locais, mas que irão caçar em céu aberto com a chegada do próximo eclipse. A única arma que eles têm contra os monstros é a claridade, mas mesmo assim o planeta não possui eletricidade e as baterias de seus trajes estão esgotando.

Passaram quatro anos desde o desastre no Parque Jurássico, e dois grupos estão numa corrida contra o tempo que irá determinar o destino dos habitantes pré-históricos da ilha remota.

Em Nova York uma epidemia disseminada por baratas mata cerca de mil crianças, sendo que nada consegue erradicar a doença. Susan Tyler (Mira Sorvino), uma cientista que recebe a ajuda do marido, cria a "Geração Judas", uma mutação genética que, se colocada junto a outras baratas, elimina a praga. Após 3 anos Susan constata que as baratas modificadas, que deveriam durar apenas uma geração, continuam a reproduzir-se, são do tamanho de um ser humano e tornaram-se basicamente carnívoras. Assim, acompanhada de um pequeno grupo, ela desce aos subterrâneos da cidade e tenta deter os gigantescos insetos, antes que criem colónias por toda a metrópole.

Passados oito anos do incidente na InGen, o Dr. Alan Grant está feliz com a sua vida afastado de todos os dinossauros exceto os fossilizados. Infelizmente, este encontra-se praticamente sem dinheiro para continuar a sua investigação, aceitando, por isso, a oferta do abastado empresário Paul Kirby: bastou um voo sobre a isolada Isla Sorna, local onde se situava o segundo centro de investigação da InGen, e o Dr. Grant conseguiu a bolsa necessária para financiar os seus projetos durante muito tempo. Aquilo que ele não sabia era que Kirby apenas queria um especialista em dinossauros para o ajudar, a ele e à mulher, a encontrar o seu filho Eric, de 14 anos, que se despenhou na ilha enquanto fazia parapente. Aquilo que ele já suspeitava, mas que nunca quisera ver, é que os Velociraptores tornaram-se numa espécie capaz de comunicações complexas e estão, como tal, mais perigosos que nunca.

Durante uma expedição arqueológica na Antártica, um grupo de arqueólogos depara-se com o confronto entre duas lendas: Alien e Predador. Os arqueólogos envolvem-se numa luta pela própria vida e, no final, só uma das espécies poderá sobreviver.