O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Έτος 2032 μ.χ. Νότια Καλιφόρνια. Ο αστυνόμος Τζων Σπάρταν είναι ίσως ο πιο επικίνδυνος αστυνομικός του 21ου αιώνα! Και η μόνη ελπίδα αυτού του κόσμου. Ο Σάιμον Φοίνιξ πάλι θεωρείται ο πιο σκληρός κι απάνθρωπος εγκληματίας που εμφανίστηκε ποτέ στη γη! Τώρα μετά από 35 χρόνια κάθειρξης, ήρθε η ώρα να αποφυλακιστεί. Και όλοι τρέμουν αυτή τη στιγμή! Μόνο ένας αστυνομικός μπορεί να τον αντιμετωπίσει...Ο Τζων Σπάρταν! Σε μια αναμέτρηση ζωής και θανάτου! Γιατί το μέλλον δεν μπορεί να τους χωρέσει και τους δυο!
Έτος 2050. Η Γη πεθαίνει! Μια αποικία στον Άρη είναι πλέον η μόνη εναλλακτική λύση και η τελευταία ελπίδα για τη σωτηρία της ανθρωπότητας. Για την πρώτη επανδρωμένη αποστολή στον Άρη επιλέγονται εξειδικευμένοι αμερικανοί αστροναύτες, οι οποίοι, θα χρειασθεί να στηριχθούν ο ένας στον άλλο, όταν πολύ σοβαρές ζημιές στον επιστημονικό τους εξοπλισμό θα βάλουν τις ζωές τους σε άμεσο κίνδυνο, στην αφιλόξενη επιφάνεια του «κόκκινου πλανήτη» Γιατί, καθώς η ομάδα αποβίβασης εξερευνεί τον νέο πλανήτη, κάνει την πιο τρομακτική κι αναπάντεχη ανακάλυψη: ο Άρης μπορεί να είναι άγονος, δεν είναι όμως... ακατοίκητος.
Ο βετεράνος Toorop έχει μια νέα αποστολή. Να συνοδεύσει μια γυναίκα από τη Ρωσία στη Κίνα. Αυτό που δεν ξέρει όμως, είναι ότι ένας ολόκληρος οργανισμός την περιμένει καθώς θα γεννήσει έναν γενετικά μεταλλαγμένο Μεσσία.
Στο μέλλον, τα ρομπότ υπηρετούν τους ανθρώπους, εκτελώντας όλες τις βαριές δουλειές και τις αγγαρείες. Όταν ένα ρομπότ σκοτώνει ξαφνικά μια οικογένεια, αναλαμβάνει την υπόθεση ο σκληρός αστυνομικός Τζακ Ράμσεϊ, της ειδικής ομάδας καταδίωξης ρομπότ «Runaway». Αλλά σύντομα οι φόνοι πληθαίνουν, και ο Τζακ μαζί με την συνέταιρό του Κάρεν Τόμσον καταλαβαίνουν ότι κάτι άλλο κρύβεται πίσω από τα φονικά ρομπότ. Και πράγματι, τα ίχνη οδηγούν στον παρανοϊκό επιστήμονα Τσαρλς Λούθερ, που μετατρέπει τα ρομπότ σε δολοφόνους, για να εξυπηρετήσει τον σκοτεινό του σκοπό: τη δημιουργία ενός Tρομακτικού νέου υπερ-όπλου…