Mafiaveljet kertoo New Yorkin järjestäytyneestä rikollisuudesta kolmelta vuosikymmeneltä, aina 1950-luvulta lähtien. Se perustuu Nicholas Pileggin kirjaan Wiseguy, joka on entisen gangsterin, Henry Hillin, elämäkerta. Henry Hill on nuori brooklynlaispoika, jonka haaveena on aina ollut tulla gangsteriksi. Hänen unelmansa toteutuvat, kun hän pääsee paikallisten mafiosojen juoksupojaksi. Iän ja taitojen karttuessa hän pääsee sisäpiiriin ja tutustuu Jimmy Conwayhin sekä Tommy DeVitoon, joiden kanssa hän tekee ryöstöjä ja murhia ympäri New Yorkia. Vuosien varrella Henrystäkin alkaa muodostua isokin kiho. Hillin rikollisura päättyi, kun hän säästyäkseen huumekauppatuomiolta ja välttääkseen kumppaniensa koston ryhtyi hallituksen todistajaksi.
Elokuva kertoo perheenisä Ben Harperista joka ryöstää pankin ja onnistuu siinä samassa rytäkässä tappamaan kaksi ihmistä. Kotiin päästyään Ben piilottaa ryöstämänsä 10 000 dollaria tyttärensä räsynukkeen ja vannottaa lapsia olemaan kertomatta kellekkään rahojen piilopaikkaa. Ben saadaan kiinni ja hänet tuomitaan kuolemaan. Vankilassa hän tutustuu Harry Powelliin joka saa tietää rahoista. Powellin vapauduttaa hän menee oitis tapaamaan Harperin perhettä ja saa Harperin lesken rakastumaan häneen ja he menevät naimisiin. Lapset tietävät Powellin aikeet ja he pakenevat Powell kintereillään.
John Murdoch herää yksin vieraassa hotellihuoneessa puhelimen soittoon. Tuntematon ääni ilmoittaa Johnin olevan etsintäkuulutettu julmista sarjamurhista. Murdoch menee paniikkiin; hän ei muista lähimenneisyydestään mitään, ei edes kuka hän on! Onko hän raakalaismainen murhaaja? Joku on vienyt hänen muistinsa ja jättänyt kuitiksi vain pienen haavan otsaan.
Elokuva kertoo FBI-agentti Sean Archerista, jonka poika kuolee harhalaukaukseen. Hän jäljittää poikansa tappajan Castor Troyn, mutta tämä joutuu onnettomuudessa koomaan. Archer saa tietää Troyn asettamasta pommista, ja saadakseen sen sijainnin selville tämän rikostoverilta hänen täytyy vaihtaa leikkauksessa kasvoja tämän kanssa ja mennä vankilaan hänenä esiintyen. Archerin ollessa vankilassa Troy herää koomasta ja varastaa itselleen Archerin kasvot ja henkilöllisyyden – tappaen sen jälkeen kaikki, jotka tiesivät Archerin olevan oikeasti vankilassa. Archerina esiintyen Troy paljastaa FBI:lle "selvittämänsä" pommin sijainnin, saaden mainetta ja kunniaa. Hän myös vikittelee Archerin vaimoa ja tytärtä. Saadakseen elämänsä takaisin Archerin täytyy paeta vankilasta ja saada häneksi luultu Troy kiinni.
Tuck valitaan salaiseen hankkeeseen, jossa on tarkoitus pienentää ihminen. Jokin menee kuitenkin pahasti pieleen ja juuri kun Tuck on pienennetty, koetta valvova tutkija Ozzie Wheeler pakenee pienennetyn Tuckin sisältävän ruiskun kanssa. Hän hätääntyy ja pistää ostoskeskuksessa hätäratkaisuna ruiskun sisällön kaupan myyjänä toimivaan Jack Putteriin. Pian Tuck ja Jack joutuvat toimimaan yhdessä.
Jigsaw vaanii edelleen eläviä, joiden on kohdattava kuolema, elleivät osaa arvostaa elämää. Saw III:n jatko-osassa Jeffin on löydettävä tyttärensä ja paettava rakennuksesta, jonka vankeina he ovat - tai kuolema korjaa. Löydettyään taas yhden Jigsaw-nauhan Jeff tajuaa, että hänellä on käsissään uusi pala palapeliin, joka hänen on ratkaistava ennen kuin on liian myöhäistä...