En overmodig ung romvesen tar eksamen i bortføring bak kontrollene på et romskip, der han må forsøke å bortføre en sovende bonde, under de vaktsomme øynene til instruktøren hans.
Mens SG-1 ser på at Ba'al skal bli henrettet, den eneste gjenlevende av Goa'ulds systemherrer, forsvinner plutselig Vala og Teal'c i løse luften. Carter, Daniel og Mitchell drar tilbake til en forandret verden der Stargate-programmet ikke eksisterer. Mens de prøver å overbevise myndighetene om hva som har skjedd kommer hundrevis av Goa'uld morskip i bane rundt jorden. De ledes av Ba'al, hans dronning Qetesh (Vala), og hans første prime Teal'c. De gjenværende medlemmene av SG-1 må finne Stargaten og gjøre ting riktig igjen før Goa'uldene tar over.
Denne spennende spillefilmen tar opp tråden der tv-serien "Stargate SG-1" sluttet. Portallaget, som består av Daniel Jackson (Michael Shanks), Vala (Claudia Black), Teal'c (Christopher Judge), Sam (Amanda Tapping) og Cam (Ben Browder) kastes ut i sitt til nå mest fantastiske eventyr. I jakten på et av De gamles apparater som de håper kan overvinne de undertrykkende oriene, oppdager laget at oriene har planlagt et fullt angrep på Jorden, og at en dobbeltagent er om bord på Odyssey!
Fra skapelsen av føderasjonen har den viktigste regelen alltid vært helt klar: Ingen Starfleet ekspedisjon får gripe inn i den naturlige utviklingen til andre samfunn. Men nå får Picard ordre som undergraver dette påbudet. Dersom han adlyder, vil 600 fredelige innbyggere på Ba'ku bli tvangsflyttet fra sin fantastiske verden, tilsynelatende for å sikre et bedre liv for millioner som vil nyte godt av Ba'kus ungdomskilde-lignende kraft. Dersom han nekter risikerer han sitt Starship, sin karriere, sitt liv. Men for Picard er det bare én utvei. Han må sloss mot Starfleet... og lede opprøret for å bevare Paradiset.
Den amerikanske astronauten Chuck Baker lander på Planet 51 og tror han er den første personen som setter sine månesko på planeten. Men til sin store overraskelse er planeten befolket av små grønne folk som lykkelig lever et vanlig liv. De har kun en eneste frykt; å bli invadert av romvesen ... slike som Chuck! Med hjelp av sin følgerobot "Rover" og sin nye venn Lem må Chuck navigere sin vei gjennom det vakre, men forvirrende landskapet til Planet 51 for å unngå å permanent havne på planetens romvesenmuseum.