Elokuva kertoo nuoresta naisesta nimeltä Sintel. Hän löytää kotikaupungistaan haavoittuneen lohikäärmeen poikasen, jolle hän antaa nimen Scales. Ajan myötä Scalesin siipivamma paranee, ja Sintel kiintyy Scalesiin. Yllättäen isompi lohikäärme kuitenkin nappaa Scalesin lennosta ja vie sen mukanaan. Sintel lähtee etsimään Scalesia ja aloittaa vaarallisen, pitkän matkan.
Elokuvan päähenkilöinä ovat nuori Emo ja vanhempi Proog, jotka ovat valtavan koneen sisällä. Juoni on hyvin moniselitteinen. Proog yrittää selittää Emolle, miten välttää vaaroja koneen sisällä: jotkin normaaleilta näyttävät asiat ovat turvallisia, jotkin petollisia.