Astronaut Taylor überlebt den Raum-Zeitsprung durch das All – 2000 Jahre in die Zukunft. Eine Notlandung verschlägt ihn auf einen entfernten Planeten, der von Affen regiert wird. Auf grausame Weise missbrauchen die herrschenden Affen eine primitive Menschenrasse für Experimente und zur Unterhaltung. Schon bald wird Taylor selbst zum Gejagten, seine einzige Hoffnung auf Rettung ist ein hilfsbereiter Schimpansen-Wissenschaftler.
Seit seiner Kindheit träumt der junge Jim Hawkins von der Suche nach dem sagenumwobenen Planeten, auf dem der Pirat Flint einen Schatz versteckt haben soll. Als Jim durch Zufall in den Besitz einer Schatzkarte gelangt, beginnt das größte Abenteuer seines Lebens. Jim ist sicher: irgendwo am Ende des Universums liegt der Schatzplanet. Daher bricht er zusammen mit dem Astronom Dr. Doppler auf. Auf der Weltraumgaleone “Legacy” schließt er schnell Freundschaft mit dem Schiffskoch John Silver, einem Cyborg. Doch dann übernimmt Silver das Kommando auf dem Schiff, denn er will den Schatz für sich alleine haben.
Nachdem Ellen Ripley, die kleine Newt, Soldat Hicks und der Android Bishop von LV 426 entkommen sind und sich mit dem Raumschiff USS Sulaco auf dem Rückweg zur Erde befinden, bricht wegen des säurehaltigen Blutes eines Facehuggers ("Gesichtsumklammerer") auf einem Zwischendeck ein Feuer aus. Eine Rettungskapsel wird abgesprengt und macht auf dem Planeten Fiorina "Fury" 161, auf dem sich nur eine Strafkolonie befindet, eine Bruchlandung. Corporal Hicks und Newt sterben bei dem Aufprall bzw. durch Ertrinken, der Android Bishop ist nicht mehr funktionsfähig. Neben Ripley überlebt die Landung nur ein Facehugger, der sich in einem Rottweiler schnell einen neuen Wirt sucht. Das kurz darauf neugeborene Alien beginnt bald die Strafgefangenen zu dezimieren.
Wenn die Sonne untergeht und sich die Stadt zum schlafen legt, kommen zwei Kräfte zum Vorschein. Sie sind unsichtbar, doch mit der Macht, die sie über uns ausüben während wir schlafen, kämpfen sie um unsere Seelen in unseren Träumen. Vater und Tochter sind in diese fantastische Traumweltschlacht verwickelt. Sie kämpfen um Vaters Seele und dafür, die Tochter vor einem ewig dauernden Albtraum zu bewahren. Jeder für sich begibt sich auf eine Reise und sie begegnen dabei schrägen Charaktären, die eigentlich nur in ihrem Unterbewusstsein existieren. Tun sie das wirklich?
Seit dem Tod der beiden ersten sprechenden Affen sind viele Jahre vergangen. In der Zwischenzeit hat eine Seuche alle Haustiere der Menschen getötet, nur Affen waren immun, daher werden diese jetzt als eine Mischung aus Haustier und Diener der Menschen eingesetzt. Als Caesar, Sohn von Zira und Cornelius, der beiden ersten sprechenden Affen, mitbekommt, mit welch brutalen Methoden seine Artgenossen von den Menschen “ausgebildet” werden, zettelt er eine Revolution an.
Brent ist auf einer Aufklärungsmission und sucht nach Spuren des verschollenen Taylor – und stürzt ebenfalls über dem Planet der Affen ab. Seine erste Begegnung ist Nova, eine Freundin Taylors. Der Gorilla-Generals Ursus fordert von seinen Untergebenen, die Menschen endgültig auszulöschen. Gemeinsam mit Cornelius findet er den Beweis, daß dieser Planet die Erde ist und er erfährt von einer Gruppe von mutieren Menschen, die sich bis heute tapfer gegen die Affen wehrt.
Angel ist die Sängerin einer Punk Rock Band aus dem Untergrund einer apokalyptischen Zukunft. Als sie von MOK, einem legendären Superrocker entführt wird, gerät alles aus den Bahnen. Besessen von einem diabolischen Experiment, plant MOK Angel's unglaubliche Stimme zu missbrauchen, um einen Dämon aus einer anderen Dimension zu beschwören und ein ewiges Leben in Ruhm und Reichtum zu erlangen. Der Rest der Band ist MOK auf der Spur und folgt ihm nach "Nuke York", wo sie alles um, um ihre hübsche Sängerin zu befreien...
Nachdem er beim Wettbewerb um die Ehre, nach dem Buch der Weisheit suchen zu dürfen, ausgeschlossen wurde, beschließt der junge Kämpfer Cord, sich einfach so selbst auf die Suche zu begeben. Er trifft auf einen blinden Flötenspieler, der ihn unter seine Fittiche nimmt. Cord muss eine Reihe von Prüfungen bestehen, bis er schließlich den Weg zur Insel des mysteriösen Zetan erfährt. Auf der soll sich das Buch befinden.
2029: Astronaut Leo Davidson befindet sich auf einer Routine-Mission durchs Weltall. Plötzlich gerät er in ein Wurmloch und fliegt durch Zeit und Raum. Er landet auf einem Planeten, auf dem sprechende Affen über die Menschen herrschen! Mit Hilfe der sympathischen Schimpansin Ari und einer kleinen Gruppe menschlicher Rebellen widersetzt sich Leo der Gorilla-Armee, welche von General Thade und seinem besten besten Krieger Attar angeführt wird. Nun versuchen sie, einen heiligen Tempel in der Verbotenen Zone zu erreichen, der die schockierenden Geheimnisse der untergegangenen Menschheit enthält - und den Schlüssel für ihre Zukunft...
Nach der Revolution, die Caesar im vorigen Teil angezettelt hatte, leben Menschen und Affen friedlich zusammen. Jetzt will er mehr über die Geschichte seiner Eltern wissen und begibt sich dazu in die “verbotene Stadt”. Dieser Ort ist allerdings radioaktiv verseucht und wird von mutierten Affen bewohnt, die es nicht gut mit den Eindringlingen meinen.
Die Welt ist zerstört, die meisten Männer können keine Kinder zeugen. Eine der wenigen Ausnahmen ist Hell, der einen Deal mit der Regierung eingeht, so viele Frauen wie möglich zu schwängern. Einige fruchtbare Frauen werden in Frogtown gefangen gehalten, einer Stadt in der Mutanten leben, deren Gene sich aus Frosch und Mensch gemischt haben.
Martha Carrington und ihre Schwester sind auf der Flucht vor einer Sondereinheit des CIA. Die Agenten wollen das Mädchen ausschalten, da sie offensichtlich von einem Außerirdischen geschwängert wurde.