Годината е 2029-а. Благодарение на мрежата, светът няма граници, а хората живеят във виртуална среда. Хакериските престъпления са се развили до съвършенство и за борба с кибертероризма е създаден отдел 9, в който работят елитни агенти-киборки с невероятни сили и способности. една от тях е Майор Мотоко Кусанаги.

Многомилионна армия роботи заменя хората във фабриките. Светът се управлява от могъщи шефове на планетарни суперкорпорации. На този фон се развива историята на момиче-киборг, създадена от гениален учен и съвършено приличаща на починалата дъщеря на деспотичния управник на Метрополис. Тя е била предназначена да стане ключ към властта над целия свят. В един съдбовен ден обаче тя тайнствено изчезва. По следите й се впуска опитен детектив със сина си...

Далечното бъдеще. След разпространена кибер "инфекция" хората губят връзка с мрежовата сфера. Извън контрол излизат роботите строители и охраната. Строителите неконтролируемо възстановят града, а охраната обявява жителите му извън закона и предприемат действия за тяхното унищожаване. Благодарение на периметъра в който охраната не може да влезе, група хора успяват да оцелеят в малко селище. Единствено липсата на храна кара хората от време на време да напускат селището, за да търсят хранителни продукти. Веднъж една от групите среща непознат на име Кили. Той търси гена на мрежовия терминал, с помощта на който да възстанови контрола над машините...