Ikari Shinji egy átlagos, 14 éves fiúnak mondhatta magát egészen addig, amíg meghívást nem kapott, hogy utazzon el a Tokyo 3-ban lévő NERV központba. Meg is tette a hosszú távot, hogy újra láthassa édesapját, aki annak a központnak a parancsnoka. De megérkezése nem zajlik zökkenőmentesen. Megpillant egy hatalmas lényt, melyet Angyalnak hívnak. Itt találkozik Misatóval, egy csinos hölggyel, aki elviszi őt a központba. Mint utóbb kiderül, az apja csak azért hívatta, hogy egy óriásrobotot vezessen, melyet Evangelion-nak hívnak. Mint később kiderül, még egy Eva létezik. Ezek a szerkezetek az egyetlenek, amik felvehetik az Angyalok ellen a harcot. Irányítani csak 14 éves gyerekek tudják, mert csak ők tudnak összehangolódni az Eva-kkal. Shinji eleinte nem akarja elvállalni, de amint meglátja, hogy apja képes egy sérült lányt a neki szánt Evangelion-ba ültetni, meggondolja magát és kezébe veszi a sorsát.

Taeko Tokióban él, egy cégnek ír könyvismertetőket. Egy nap úgy dönt, szabadságot vesz ki és leutazik vidékre a sógorához. Örül, hogy végre kiszabadulhat a város nyüzsgéséből és élvezheti a vidék szépségét. A vonatút közben feltörnek benne gyerekkora elfeledett emlékei. Érzi, hogy a mostani élete így nincs rendben, s mikor az utolsó nap megkérdezik tőle, miért nem változtat az életén, rájön, hogy a boldogságához vezető út bejáratánál áll.

A Macross nevű űrhajó a Naprendszer pereme felől hazafelé tart a Földre. Közben idegenek támadják meg. Az idegenek döbbenten tapasztalják, hogy a hajóban együtt élnek férfiak és nők: számukra ez valami elképzelhetetlen dolog, náluk a férfiak és nők ősidők óta háborúznak egymással. Az egyik támadás során Hikaru Ichijo vadászpilóta megmenti Lynn Minmay popénekest, és úgy tűnik össze is jönnek, ám az események közbeszólnak.

Az emberiség hatalmas többsége abban a hitben él, hogy az egyetlen valóság az acél és beton világa, amelyet építettek. Mindazonáltal az embereket alaposan félrevezették. Van egy másik valóság, ami párhuzamosan fut a saját síkunkkal, és ennek a bérlői olyan szörnyű teremtmények, akik méltán viselik a Démon nevet. Akik ha szabad hozzáférést nyernének világunkba, elképzelhetetlen pusztítást és rombolást okoznának... Azonban mindkét oldalnak vannak politikusai. Ez a két oldal úgy döntött, hogy nem engedélyezik akármilyen lényeknek, hogy szabadon használják a síkok közötti dimenzionális átjárást. A szerződés értelmében a rendre a Black Guard ügynökei vigyáznak. két ügynök, Tachi, aki az emberek közül való; és Machi-t, aki a démoni világ küldötte. Feladatuk, hogy egy olyan személyt védelmezzenek, aki központi szerepet játszik a történetben, és a rendszer ellenzőinek elsődleges célpontja.