تعيش (سيدني) الفتاة الشابة التي تسكن مع والدها ، والتي لم تلتئم أحزانها الناتجة عن قتل والدتها ، والاعتداء عليها بعد ، كما تعاني أيضا من قتل صديقها، وسرعان ما يأتي دور (سيدني) لتبدأ في تلقي مكالمات من شخص غريب ، يبدأ في تهديدها بتصرفات مماثلة ، في نفس الوقت يسافر والد (سيدني) للخارج ويترك (سيدني) وحدها في المنزل ، فتلجأ لصديقها (بيللي) ليؤنس وحشتها خاصة بعد تلك المكالمات الغريبة ،وتبدأ في الشك في كل من حولها .

تدور أحداث الفيلم حول قاتل محترف تم هندسته وراثيًا ليكون قاتل لا يخطأ، ويصير ماكينة قتل متحركة والمعروف برقم 47، والذي يستهدف إحدى المؤسسات التي تخطط للتحري عن ماضي العميل 47 من أجل خلق جيش من القتلة الذي يفوق قدرته، ويتعاون العميل خلال هذه العملية مع امرأة قد يكون لديها الحل لتجاوز ما تقوم به هذه المؤسسة.

للعثور على الحقيقة ، يجب أن تؤمن. بعد ست سنوات من أحداث خاتمة سلسلة ملفات X ، أصبحت عميلة مكتب التحقيقات الفيدرالي السابقة الدكتورة دانا سكالي الآن طبيبة في مستشفى سيدة الأحزان ، وهو مستشفى كاثوليكي ، وتعالج صبيا يدعى كريستيان مصابا بمرض ساندهوف ، وهو حالة دماغية نهائية. يصل عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي طبل لطلب مساعدة سكالي في تحديد مكان فوكس مولدر، الرئيس السابق الهارب لقسم ملفات X ، ويقول إنهم سيلغون مطاردته إذا كان سيساعد في التحقيق في اختفاء العديد من النساء ، بما في ذلك عميلة مكتب التحقيقات الفيدرالي الشابة مونيكا بانان. يتم استدعاء مولدر وسكالي مرة أخرى إلى الخدمة من قبل مكتب التحقيقات الفيدرالي عندما يدعي كاهن سابق أنه يتلقى رؤى نفسية تتعلق بعميل مختطف.