우주 세기 0079년, 인류는 우주마저 전장으로 바꿔버린다. 세계 인구의 절반을 죽음으로 몰고가는 작전을 강행하는 지온 공국군. 이에 대한 열세를 만회하기 위해 압도적 전력으로 도전하는 지구 연방군. 그 뒤에서 교차하는 자비가 일족의 음모, 바꿀 수 없는 운명에 농락당하는 세이라 마스. 지온 군의 파일럿이 된 람바랄과 하몬. 사이드 7에서 형온히 지내는 아무로와 프라우의 일상에도 어두운 그림자가 찾아온다. 그리고 복수에 사로잡힌 지온군의 에이스, 샤아 아즈나블의 "붉은 혜성"으로서의 전설이 탄생한다.

전쟁으로 폐허가 된 미래의 뉴욕. 브리아리오스와 ‘듀넌’은 ‘투 혼스’ 밑에서 이런저런 일을 하며 살아가고 있다. 듀난은 투 혼스를 떠나고 싶지만, 브리는 투 혼스에게 채무가 아직 남아 있다며 곤란해 한다. 사이보그들의 습격으로 임무에 실패한 브리의 배터리가 거의 떨어져 다시 투 혼스를 만나러 가게 되고, 매튜스에게 수리를 부탁하는데...

한쌍의 연인앞에 나타나 순식간에 남자를 마취시키고 그의 배를 갈라 태연히 장기를 적출해가는 한 남자. 그의 이름은 래미다. 인공장기이식회사의 직원인 래미의 주 업무는 인공장기 대금액이 체납된 이식자들에게서 장기를 회수해오는 것이다. 사람들은 래미의 직업을 이렇게 부른다. '리포 맨' 집이나 길거리 또는 지하철등 장소불문하고 체납고객을 찾아 인정사정 없이 그들의 인공장기를 적출, 회수해가는 리포맨들. 사냥감을 쫓는 사냥꾼이 되어 ..

2044년 인류는 지구의 사막화가 심해지고 종말이 시작되자 인간의 모습을 한 로봇인 오토마타 필그림 7000를 생산하여 만연한 불안함과 공포에 맞서 싸운다. 그러던 중 로봇은 생명체에 어떤 해도 입힐 수 없으며 스스로 자신 또는 다른 기계를 개조할 수 없다는 원칙에도 불구하고 누군가가 로봇을 개조한다는 증거들이 드러나기 시작한다. 한편 로봇을 다스리고 지배하는 기업인 ROC사의 보험 설계사 잭 바칸(안토니오 반데라스)은 결함이 있는 로봇을 조사하던 중 우연히 오토마타 필그림 7000을 개조한 배후 세력의 비밀에 연루되면서 커다란 위험에 직면하게 되는데….

서기 2027년 로스엔젤레스. 세계의 정치 경제권이 미국과 일본에 의하여 장악되고, 과학의 발전은 인간과 식별이 거의 불가능한 기계인간의 출현을 가능하게 만든다. 인간보다 우수한 능력을 지닌 인조인간들은 차츰 사회 각층에서 두각을 나타내고 그들의 세력은 날로 커져만 간다. 한편 이에 위협을 느낀 일부 순수인간들은 '헤머헤드'라는 극단적인 테러조직을 만들어 기계인간의 파괴를 일삼는다. 기계와 인간들의 무자비한 폭력과 살상은 점점 심해지고 2천년대 미래의 지구는 혼돈 속에서 급속히 황폐해져간다. 강력범죄 특별수사관 알렉스 레인(Alex: 올리버 그루너 분)은 과거의 부상으로 인해 장기 일부가 인공으로 대체된 반 기계인간이다. 어느날, 생사를 건 반 테러 작전 수행 중 테러리스트에게 당해 만신창이가 된 그의 몸은 더욱 기계화되어 간다. 신체의 기계화에 절망을 느낀 알렉스는 자신을 그렇게 만든 테러리스트에 대한 증오와 경찰에 대한 회의를 품고 뉴아메리카의 바자에 숨어버린다. 1년후. LA 경찰국장 판즈워스(Farnsworth: 팀 토머슨 분)는 자신의 부하이자 알렉스의 옛애인이었던 인조인간 자렛(Jared: 마요리 모나간 분)이 인류의 운명을 바꿔놓을 만한 중요한 비밀 정보를 빼내 헤머헤드 조직에 넘기려는 계획을 막기위해 알렉스에게 복귀명령을 내린다. 알렉스가 복귀를 거부하자 판즈워스는 부하들을 시켜 그에게 중상을 입힌 후, 그의 몸속에 원격조종 시한폭탄과 추적감시용 카메라눈을 장착한 다음 도난 당한 데이타 칩을 쟈렛으로부터 회수하도록 명령한다. 72시간내에 쟈렛을 찾지 않으면 그는 폭발하고 만다. 자포자기 상태에 빠진 알렉스는 쟈렛의 연락책 쥴리안(Julian: 데보라 셜톤 분)을 통해 뜻밖의 사실을 알게 된다. 이미 살해되어 '마인드 컴' 속에 영혼으로 존재하는 쟈렛은 알렉스에게, 판즈워스가 가짜이며 그의 엄청난 음모를 막기위해 '헤머헤드'에 데이타 칩을 전해달라고 부탁한다.

주어진 시간은 단 9분 47초, 진실을 밝혀내라! 갑자기 정신이 든 라이언은 전혀 알지 못하는 곳에 납치된 한 소년과 함께 있는 자신을 발견한다. 어머니가 살해 됐다며 살려달라는 알렉스라는 소년을 도와주려고 하지만 라이언은 이내 또 정신을 잃고 만다. 불특정 시간이 흐른 후 엉뚱한 곳에서 정신을 차리는 라이언은 자신이 누군가에게 조종당하고 있다는 사실을 알게 되고 생체 바이러스 살포로 인류를 조종하려는 야심을 품은 랭험 박사와 그의 아들의 계획에 맞서 대항한다. 알렉스라는 소년이 치명적인 첨단 기술을 발명한 과학자의 아들이며 협박을 위해 인질로 잡혀 있음을 파악하고 목숨을 걸고 구출에 나선다. 라이언이 제 정신이 돌아오는 시간은 9분 47초. 그 짧은 순간에 인류와 한 소년을 구해내야 한다.